我先后用过Onenote，为知笔记，Evernote。楼主提到的问题我也有同感。
现在我的笔记方案是，网页资料收集、网址收集用Evernote，因为它的浏览器插件、第三方应用支持比较完全完善；笔记编写、记录使用Onenote，因为它的编辑功能强大。两个软件各取所长，倒也满足了我的需要。为知笔记总感觉它的开发实力不够，第三方工具支持也不行。
理想中的笔记软件，最好能同时支持普通编辑模式（类似onenote）和markdown（或者org-mode）模式，在markdown模式中可以一键切换到html预览。但是这种需求有些geek了，估计不好商业化。
我其实有个疑问，evernote为什么不能像浏览器一样提供插件，让第三方开发者植入新的编辑、阅读模式。