@AntonChen 我曾经在 用 Ubuntu 时写过上几百的 Zim 条目笔记，你需要的可能就是这个。
Zim 有 markdown 支持。Zim 是一个桌面 程序，内含树形节点浏览器 + 编辑器。
Zim 生成的文件，就是一个个文本文档；Zim 保存文件，就是利用电脑系统的文件夹的目录结构，把文本文档保存在文件夹里。当然一切都在 Zim 这个程序里完成。
利用电脑系统的文件夹的目录结构，这是一个很宝贵的品质，这意味着，你可以把 Zim 的笔记文件夹直接放在 Dropbox 上同步。
Zim 本身有 Win 版、Linux 版，可惜没 Mac 版。但因为保存的笔记就是一个个本文文档 （ 支持 markdown 语法 ），直接打开看就行。