达尔文极少使用 进化 evolution 这个词，甚至拉马克、海克尔等人早期也均不曾使用这个词。[^1]达尔文使用 descent with modification ，拉马克使用 transformisme ，海克尔使用 transmutations-thoeries 以表述各自的观点。^2真正采用 进化 一词并推销给大众，用以涵盖从达尔文、拉马克开始的一系列关于物种演变的思想和由此形成一种意识形态的，是斯宾塞。进化的主体又是什么呢？达尔文的研究着眼于物种，甚至用《物种起源》作为书名，但自始而终，达尔文对 物种 一词的定义都很困惑，甚至在他的理论中也没有完全说清楚——进化，究竟是何种进化？是个体随着时间的发育，还是一个群体整体上的变化？
达尔文和拉马克的学说，均涉及了个体生长和亲代—子代之间代际遗传两个问题。拉马克的学说，强调个体有目的性的适应，然后这种适应再通过代际生育遗传给下一代（又称 习得性遗传 ）；而达尔文自然选择学说，其关键前提源于马尔萨斯的假说，即从一开始必须有大量形形色色的变异，尽管或许这些变异是偶然性的，但一定必须有足够大的数量，在代代相传的过程中，这些变异随环境而分化，或被保留，或被淘汰，经过长时间段的作用，出现一种与环境相配合的面貌。[^3]这两种学说的关键差异，在于代与代之间的遗传是如何传递的。在达尔文学说中，如果新的变异不能大量不断地产生，那么，自然选择便无从开始，进化也会停止。但其关键问题——变异如何产生？实际上也涉及个体发育和亲代遗传这两个问题。如果观察到形态和性状的改变，那么其中的机制是什么？尽管达尔文深刻意识到这个问题对于其学说的支撑作用，但终其一生，却一直没有解决这个问题。
达尔文的方法论，本质上是一种归纳法。通过收集大量的事实和例子，比较亲代和子代之间的相似性，提出一个能够满足各种现象和事实的假说，从而解释所观察到的现象，最终进一步外推以试图解释其他现象。问题在于：自然界生物的生长、发育、遗传千差万别，如果这些现象完全满足达尔文的理论当然甚好，但如果基于不同范围和群体，观察到的现象与假说相互冲突时，选择什么？如何选择？标准是什么？^4随着研究的深入和研究范围的扩大，现象与假说之间，繁杂而非统一的局面越来越多。随着时间逝去，和进化论不同的其他学说在这种竞争逐渐失利，从而使进化论成为一个广为流传的学说。但进化论仍然无法完全解释自然界和生物界所出现的繁杂而有趣的现象，这种通过外在形态比较而进行推演的方法，越来越受到质疑。在这一过程中，牛顿学说的影响，使得和进化论完全不同的还原论，在遗传学一旦出现之后，便迅速发展。
孟德尔（Gregor Mendel,1822—1884年）被追认为遗传学创始人，当他在进行研究时，他总以为自己在研究进化论。从1865年开始，孟德尔进行植物培植试验，通过统计大量豌豆在不同代际之间的性状表现，发现了3∶1这个固定的比例，并由此总结出遗传规律。^51865年2月8日和3月8日，在布尔诺自然科学学会上，孟德尔宣读了自己的论文《植物杂交试验》，却没有引起任何注意，其他人偶然的建议，也把他的研究引向歧途。直到35年后，三位植物学家，德弗里斯、柯仑斯、丘歇马克，在短短几个月内先后发表文章，分别声称他们独立地发现了重要的遗传定律，[^6]但却在核查文献时才发现早在35年前孟德尔已经发现了这一规律，孟德尔的学说才引起人们的注意并广泛传播。孟德尔的实验，说明了子代经遗传得到的特质，并非是由父母的特质综合、平均而成，这和达尔文晚年所设想的泛生说完全不同。同时，孟德尔还演绎出另一项推论：每一种遗传特质都是受到单一基因的控制，而不是相同基因的不同变化，无论是相同特质的不同形式（如颜色的黄或绿），或者是完全不同的特质（如豌豆的颜色与形状），都是以分离的实质单位作为遗传基础。这种遗传与相似无关，而与通过歧异表现出来的突变有关。这种推论，使研究的对象，脱离了达尔文及其之前各种研究所针对的对象，从群体、个体的整体性概念走向采用还原论的方法，进一步还原分解构成生物体更加微小单位的研究。孟德尔学说，因其规律性，为此后还原论的操作方法，提供了一个开始。在牛顿体系渗透进自然科学之后，一旦在其他学科发现了类似的规律，便很容易促使研究者进一步分离和还原，以试图发现形成这种规律的更小单位。而这种方法，除了倚赖理论的发展，更多的是倚赖实验工具——显微镜的使用。[^7]这一结果，便是将对微观物质的研究，沿着还原论的方向，越走越远，而这实际上是一种将生物学彻底还原为物理粒子的方法，其代表作品便是薛定谔的《生命是什么》^8。1933年，薛定谔逃离德国，之后十年间，经比利时辗到都柏林^9，到1943年，他开始一系列的讲座，讲述物理学和生物学的可能结合。在讲座中，薛定谔用物理学家的思维解释生命的存在，将生命看成一种有序的系统或生命是一个有序事件。生命，乃是受一堆高度有序的原子团（或基因）所控制，通过自身集中 序的流束 而防止了原子团的崩溃和消解。这种序列结构的来源，存在于以下两种机制中—— 有序来源于无序 ^10和 有序来源于有序 ^11。薛定谔强调了后者，同时指出，从物理学角度看来，由于必须考虑到从环境中获得秩序，从而不满足热力学第二定律而必须寻求新的物理学定律才能得以解释生物学的这种原子有序存在状态。薛定谔对于上一代知识综合梦想的继承，使得这一系列讲座，很可能成为由物理学家所写的最重要的生物学著作。而这著作，实际预示了未来所可能出现的一个命题：在物质主义的还原论视角下，生命是什么？自由意志从何而来？这成为从遗传学走向脑神经科学和人工智能研究的先导。
但遗传学仍然继续沿着孟德尔开创的路径展开，没有直接走向物理学，并在社会环境中表现为一种孟德尔主义和达尔文进化论之间的冲突。1900 — 1909年左右属于孟德尔主义时期，这一时期所研究的问题，主要集中在有关进化争议的问题以及遗传是否普遍有效的问题上。根据孟德尔的观点，是突变而不是自然选择，影响生物机体的各个方面即所谓的性状。问题是：某一物种的全部性状（性状总体）是由单一、相同的物种特异性物质控制还是每个性状由可以独立起变化的个别颗粒物质控制？或者说，遗传物质是 软（式） 的^12还是 硬（式） 的^13？这种观念明显不同于博物学家对于自然选择的强调。
孟德尔和其他早期的遗传学奠基者，研究主要集中在植物学，但当1910年，摩尔根公布了他关于果蝇实验的成果之后，遗传学的范围扩展到了动物。由于遗传研究的是代际问题，如果代际之间时间过长，那么研究所需的时间更漫长，成本更高昂，而结果更渺茫。当1908年摩尔根开始关于动物的遗传学实验时，用的实验动物是大鼠和小鼠，而他最具成功意义的决定可能是放弃了用哺乳类动物作为实验对象，因为哺乳类动物的世代时间长，管理费用高，而且容易生病。经费严重局限了摩尔根研究的进行，使得果蝇被摩尔根所选择成为遗传学研究的重要工具。当时已经有两位美国遗传学家 —— W.E.凯塞尔和 Frank Lutz 采用普通果蝇（drosophila melanoggaster）进行实验,这种果蝇每两三个星期就繁殖一代，用扔掉的废牛奶瓶就可以培养而且几乎完全不受病害侵袭。这完全解决了经费限制的问题，很凑巧的是，果蝇特别适合于研究交换现象，^14而这正是最后证实染色体学说所必需的。摩尔根遵循孟德尔的方法，通过统计果蝇大量繁殖所出现的各种性状的比例，说明基因是可以自我复制的，从亲代到子代不会发生变化，而突变是新基因得以产生的惟一方式，新的基因产生新的特征，对于果蝇来说，表现出来的结果是，突变与性密切相连。在整个突变过程中，突变的产生是一个随机的偶然过程，而与有机体不发生联系，这意味着后天的获得性遗传在逻辑上是不可能的。摩尔根的果蝇实验，采用的是孟德尔的实验方法。孟德尔定律涉及的是现存性状的传递，而不是新性状的产生，而摩尔根的实验，则强调了通过基因突变，产生新的性状，这种突变不是对环境的适应，而是完全偶然和不受任何控制。
这么一种学说，很快演变成为一种哲学观念并与传统的逻辑性或必然性观念发生进一步冲突。
对于托马斯·亨特·摩尔根来说，突变理论是攻击达尔文主义整体哲学思想的基础（Allen，1968，1978；Bowler，1978，1983），在《进化和适应》（Morgan，1903）一书中，他不仅攻击了选择机制，而且也攻击了整个功利主义自然观。他提出，根本没必要去想像选择会在任何水平起作用。他相信，任何突变体只要不与环境明显不兼容，就可以生存和繁殖。环境并不有效地控制进化：进化的历程完全由各种突变来决定。绝对的孟德尔主义者由于只注意实验室工作，这样使得他们疏离了传统的博物学问题。遗传学的成就，使人们认为，进化过程只能通过向群体中引入新的遗传因子来控制。最初，遗传学家不承认环境适应的选择效应可以控制
突变的扩散。他们认为，拉马克主义和达尔文主义都是缺乏实验的、过时陈旧的博物学产物。按照这门新兴科学的标准，生长同进化无关：只有新遗传性状的引入才可以改变一个种群，而且不能通过该过程与生长的相似之处而解释它。这时，可以将拉马克主义、重演论和进化模型的作法，统统视为一个过时的概念化体系的遗迹而抛弃掉。而如果对于厌倦了达尔文论者和拉马克论者之间争执的许多博物学家来说，突变论似乎包含了所有的答案。突变论解释了新性状的起源和新变异及物种的分离，而无需达尔文主义的复杂的隔离机制。而且，突变论看来是建立于坚实的实验基础上，这符合新兴科学的传统。^15
遗传学家对突变的强调，与博物学家特别是古生物学家，通过观察地理变化而形成对生物渐变影响的思路完全不同。这种差异，使遗传学和古生物学沿着两个不同的方向，进一步分化并形成两大阵营。在这两大阵营的某些直接对抗中根本看不出有妥协和解的愿望，所有的论据都是企图证明对方阵营是错误的。 朱利安·赫胥黎（Julian Huxley）使用了 达尔文主义的日食 这句话，来描述在遗传学与选择论结合成 综合进化论 之前的境况。这种境况一直持续到20世纪20年代才开始降温，争论的双方厌倦了这种争论，并逐步意识到各自的理论在各自所处理的范围和领域内可能都是正确的情况下，才产生出“综合进化论”来调和两者之间的冲突。
1902年，G.乌德尼·于尔指出一种离散性的固定比例，如何形成一种连续观念。于尔提出，如果设想多于一对的遗传因子能够影响一种性状的话，那么，在这些遗传因子的恒定重组中，简单的孟德尔比例就会消失。结果，多个因子的相互作用会导致变异的连续分布。然后，费舍尔（Fisher，1930）进一步发展了这种理论。美国的威廉·E.卡斯特（Castle，1911）及其学生塞瓦尔·赖特将数学充分应用于遗传学研究中。通过豚鼠体色的实验，赖特确信基因之间的相互作用系统很重要，他通过冠鼠实验也发现，小群体中的近交会激发变异。到了1920年，赖特发展出一个很有力的数学技术，来分析近交效应，他发现，通过这种方式，基因相互作用的系统可以得到固定，然后再受选择的作用。进一步的，赖特用这种方法分析自然群体，认为在自然界的小群体中，更容易发生近交。这种高强度的近交，激发了新的变异，导致小群体出现脱离一个物种的新的面貌。在这一过程中，基因库的作用是突变与选择的中间媒介。[^16]
然后，杜布赞斯基 Theodosius Dobzhansky 采纳了赖特的结论（Dobzhansky，1937），积极推动了20世纪20年代开始的 综合进化论 。杜布赞斯基概括了说明突变真正本质的实验证据，强调了突变的影响很小，论述了突变如何使群体发生自然变异。同时他概括了数学家的结论，尤其是赖特的工作；还论述了自己对昆虫地理变异的遗传学基础所做的研究，并且提及了其他证明同样效应的工作。这些表明，选择不仅仅是变化机制，而且也是平衡机制，比如通过建立在超级杂合子适应基础上的平衡机制来维持稳定性。这种广泛存在的动态平衡，使群体储蓄了大量遗传变异的可能性，当新环境一旦出现，变异便凸现出来。这种综合，成为宏观上博物学家的田野工作与微观上数学生物学家的抽象的表达之间的桥梁。最终杜布赞斯基、赫胥黎、迈尔 Ernst Mayr、辛普森（George Gaylord Simpson）等促成了 综合进化论 （the synthesis theory of evolutionary）的形成。
综合进化论 认为，突变是物种变异的原动力，而多个因子的相互作用，导致变异出现连续分布，从而使物种连续变化成为一种外在可见的基因“表现型”结果，正是这种方式，使物种形式的 进化 成为可观察的结果。同时，外部环境成为一个限制性条件，环境通过选择，使各种突变之中，适合外部环境的某种突变得以生存下来。[^17]于是，结合了遗传学的进化论再次重新展开，这正是 综合进化论 所进行的综合。这种综合，实际并不讨论基因和文化之间的关系，而是讨论物种变异和环境适应之间的关系。这种综合，实际上调和了遗传学理论和进化论理论，综合成为一个新的理论，而将着眼点放在基因相互作用的频率和强度，其所秉承的整体外部变化，仍然继续达尔文的学说，将随机变异看成物种变化的真正原动力，但却不强调任何终极的目的性作用。进化被仅仅看成一种随机变异与环境之间相互作用的结果。进化没有方向，进化并不导致更高等事物的出现，生物只不过更加适应它们的环境，这就是进化。^18而 适者生存 和 自然选择 ，实际上是一个同义反复的套套逻辑结构，本身仅仅意味着一种环境与适应之间的互动理论而已，而没有任何目的性的适应度标准。
进化论和遗传学结合成为 综合进化论 之后，又再次以文化的意识形态，重新为这个世界引入了一个时间维度，很容易具有终极判断的意义，使生物的历史获得一个共同解释框架。[^19]达尔文关于 随机变异及自然选择也适用于人类 的信念，在与遗传学及选择论结合成 综合进化论 后，成为新达尔文主义，并进一步扩大研究范围，阐发出动物行为学及社会生物学。
[^1]: 进化 evolution 一词最接近的是法文 evolution， 源自 evolutionem，意指 摊开一本书 （《关键词》，p158）。在生物学中， 进化 （一词最早的用法是描述子宫中胚胎的生长，博内指出在 theory of evolution 中，evolution 就是用来描述胚胎——具有成熟的生物体的各个部分，但发育未臻成熟——的发展，意味着将一个卷在一起的东西打开，今天仍然有许多人相信子宫中胚胎的生长是地球上生命发展一般历程的缩影。（Peter J. Bowler，《进化思想史》，1762）
[^3]: 这种配合，被称为 适应 ，由于在时间逻辑次序上，环境在配合之先，于是成为关于适应的物竞天择学说。
[^6]: 一直不断有人怀疑这三位植物学家所自称的 独立发现说 是否真实，基于现有的证据看，情况非常可疑。参考方舟子，《寻找生命的逻辑》，上海交通大学出版社，P88。
[^7]: 一切生物（严格说来只是真核生物）都是由细胞以及细胞产物构成的这一发现，只有在发明了显微镜（生物学史上最重要的技术进展之一）之后才有可能。最早的简单显微镜很可能是1590年，荷兰和意大利的眼镜制造者已经造出类似显微镜的放大仪器，直到1665年英国物理学家胡克（Robert Hooke， 1635—1703年）在他的《显微制图》（Micrographia）一书中才描述了在一块软木切片上的孔状和盒式结构。 Nehemiah Grew（1672—1682年）， Malpighi（1675，1679）发表了更多和更精细的显微镜素描图。他们用这些显微镜所观察到的只是（细胞）壁（从 cell 这字的原义为小室或蜂房就很容易理解），并没有提到他们的发现在生物学上可能有什么意义。不久后，研究动物组织（尤其是胚胎）的一些学者如 Swammerdam（1737），C.F.Wolff（1764）， Meckel（1821），Oken（1805，1839）及其他人描述了液滴或气泡。在那个时候，还无法确定所观察到的波滴（或小球）哪些是真正细胞，哪些是掺杂物（Baker，1948；Pickstone，1973）。在胡克初次描述了他的简陋显微镜后的150年中，在细胞的研究上没有取得任何真正的进展，真正的进步，得益于技术和工业的改良：染色工业和光学工业。这是一个典型的工具和技术对于促进科学知识增长的例子，显微镜及其透镜不断改进，最后于1870年产生了油浸透镜。西斯发明了切片机（1866年左右），在后来的年代中新式切片机能制备更薄的切片。还发明了固定各种生物材料的新方法。最后，苯胺染料的发明产生了各式各样的染色，其中有很多对特定的细胞成分或分子具有高度特异性的亲和力。这些技术上的进展至少把显微镜观察细节的能力提高了一个数量级，并使染色体的发现成为可能。（《生物学思想发展的历史》E.迈尔，第十五章）
[^16]: 这种观点，在文化上，表现为局限于某个隔离群体的局部小部分团体，思想之间互相激发，最终越走越远，出现和整体群体完全面貌的不同，而这个过程，强调的是这个小团体内部的互相激发程度和强度，比如：朝圣山协会，和康有为、梁启超在广东的小团体，或者英国的 Bloomsbery 集团。而在传统文化上，某些独立的大学，也容易出现这种文化上，相对于整体变异的小群体。（皮特·J.鲍勒，《进化思想史》，第十一章）
[^17]: 这在经济学上，称为 as if 理性 。
[^19]: 如生物学家所意识到而使用 进化论 一词的大众并不容易意识到的，尽管这种带有深深达尔文印记的综合视角本身并不带有任何目的论的意义，但当采用这种视角，将涉及人的一系列进化，形成有目的的序列之后，很容易便得到一种终极判断标准，而使进化成为进步，从而反过来使进化获得一种目的论意义。这一点，清楚的为哈耶克所意识到，他在《人类价值的三个渊源》中《进化、传统和进步》一节中写道：
到目前为止，我一直小心翼翼的避免把进化和进步视作同一回事。但是，在我们明确知道正是传统的进化使文明成为可能之后，我们至少可以说，自生自发的进化乃是进步的一项必要条件，即使不是充分条件。正是在最原初的随机变化的无目的性的达尔文理论的意义上，哈耶克使用了
自生自发秩序 这个词语。这可以窥见哈耶克理论中的进化论渊源。
牛顿体系着眼于寻求不同元素之间的共性，将每种元素抽象为无差别的单元，然后采用数学进行逻辑描述。这与传统博物学刚好相反。^1
动植物的现代分类系统是由瑞典博物学家卡洛鲁斯·林奈（Linnaeus）建立起来的，在《自然系统》（1735）中，基于1694年卡梅拉琉斯（R．J．Camerarius）发现的植物性别，以生殖器官作为系统所依据的关键性状。植物界被分成若干纲，每一个纲又被分成若干目。要确定一种植物所属的纲和目，只需数一下它的花上的雄蕊和雌蕊。将植物的归类从目细分到属和种则需要更细致的观察，并考虑其花的型状和花的大小。接着林奈在动物学中也引入了类似的分类，并将动物界确定为6个纲。^2植物的命名始于林奈的《植物的种》（1753）和《植物的属》（第5版，1754），动物的命名则始于他的《自然系统》（第10版，1758），他在这本书中第一次用双命名法命名所有已知的动物。林奈的分类系统，为人类认识自然界的生物，提供了一个实用性的框架。[^3]随后，林奈的分类系统为布丰[^4]所反对。布丰认为，
物种以及由物种组成的属，只不过是分类学家想像的产物。实际上存在的只是个体，基于自然界存在的只是完全连续的形态的观点，可以反对建立任何分类系统[^5]。
林奈和布丰在分类法上的区别，实际上显示了两种不同的哲学思维。林奈按照 物种 来区分相似的个体，属于类型学概念上的物种，在渊源上，可以一直追溯到柏拉图哲学：确定物种本质的是理念化的形式或结构，而不是任何一代个体的表面性状。物种——作为系统的基本单位及规则，被认为是一种比构成它的个体更为基本的规则，无论个体如何变化，物种不变。而布丰的体系，则以为自然界中，有的只是个体，而分类如何进行，实际上是由分类者决定的，物种只是思维产物而非自然界之现实，这种物种概念，属于唯名论思路下的物种概念。^6
布丰关于生物连续性的观点，经他的学生拉马克[^7]进一步发挥。拉马克认为物种之间是连续的，没有确定的界限，物种只有相对的稳定性；物种在外界条件影响下能发生变异，^8古代物种是现代物种的直接祖先，物种一般不会消灭。除此之外，拉马克还因为他提出动物的后天习得性遗传理论（即用进废退）而经常被作为反面典型在教科书中出现。^9
在达尔文之前的思想传统中，实际上隐含着可能包含达尔文进化论的各种观点，
如果将18世纪博物学家不同著作中的片言支语拼接起来，脱离原来的上下文，看起来很像是预先提出了现代的进化论，然而，前达尔文时期博物学家成就的意义并不在于他们试图去解决达尔文所面临的问题和未能解决，而在于他们发现了许多途径去探讨宇宙变化的含义。这个时期的博物学与启蒙哲学的一般背景相适应，而且从某些方面看，在这种背景中并不能产生出与今天的观点几乎相同的观点。[^10]
皮特·J.鲍勒 Peter J. Bowler 审慎的强调了社会思潮的因素。[^11]
1831年，作为一个业余对博物学有着强烈兴趣的年轻人，达尔文以船长伴侣的身份，开始随“贝格尔号”历时5年的航行，达尔文游历了南美广大的内陆地区，并因此获得大量的第一手目击资料，^12转而促使他从进化的观点而不是物种固定不变的观点，去看待物种之间的可能联系。这次游历提供了促使达尔文此后一生专注的物种进化的素材。在1837年达尔文游历归来之后，他沉寂了许多年，直到21年之后的1859年，他才出版他的第一本著作《物种起源》，在这段时间里，他广泛地阅读各种门类的书籍，^13这些均有助于促成他关于物种进化的假说，以及这种假说对于人类的可能适用性。
在《物种起源》中，达尔文提出了他的假说。这些假说实际上是一个混杂的体系，包括了几个不同的部分：物种增殖、生物进化、渐变理论、共同由来、自然选择。^14在这几个部分之中，物种增殖的观点，来源于马尔萨斯等人；而生物进化，则基本为随后的生物学家所接受。引起比较大争议的是渐变理论，达尔文设想的生物进化，是连续进化：进化通过个体之间微小差异的积累进行。承接林奈—布丰的博物学传统，达尔文的阐释分为两个步骤：先分类，再对类别之间的变化加以阐释。达尔文不再继续遵循林奈开创的根据生殖器官性状来划分的物种恒定的先验概念。转而采用统计学的解释方法，基于建立在统计描述的因素基础上，再进行解释，而不遵循绝对恒定的定律。^15但是达尔文基于他环游南美洲的经验，认为通过研究物种如何迁移到世界各地并发生演变，可以解释生物的分布这一事实。
在《物种起源》中，达尔文试图将活体生物，以及发现的生物化石残骸，连贯起来，排列成为一种连续性谱系，从而，得以以一贯之的理解物种之间连续性，以及其间变化的序列关系。在方法论上，这是一种完全不同于林奈的做法。在林奈的分类系统中，分类的标准已经先验的被设定，生物按照物种的标准被归类。新个体的出现，只是一个归类问题，如同一个图书馆，已经分类排序，出现新的图书，只是被决定该归入哪一个门类的问题，遵循的是传统博物学的做法，一种静态的分类。^16而达尔文追寻的，不是关于生物的分类问题，而是追寻其中动态变化的逻辑，这一静一动，正是林奈和达尔文之间的区别，也是博物学传统和进化论传统的区别。^17基于这一方法，使达尔文强调生物进化的渐变性，他深信 自然界无跳跃 ，但是问题在于，从自然界中所发现的生物化石，并不完全连续，甚至有些链条断裂，对此，达尔文采用 中间类型绝灭 和 化石记录不全 作为借口，来为古生物资料所显示的跳跃性变化辩护。这种做法，后来被间断平衡论者和新灾变论者猛烈抨击。
达尔文坚持连续性进化方法论的原因，在于只有基于这一方法论，达尔文才能推导出共同由来这一说法，而这是因为达尔文始终没有弄明白遗传的机制和动力，从而，无法解释变异及多样性这一广为博物学家所熟知的事实，而只能将变异理解成为“随机的”。^18而这一事实，实际上也是自然选择和竞争的基础，因为，如果个体在类型上完全相同的话，即所有个体都具有相同的本质，那么，个体之间的竞争在概念上便没有什么关系。只有同一群体的个体，具有不同的变异性，竞争才有可能，而外界的自然选择，也才可能在这个地方发生作用。没有了变异性，自然选择便失去了作用。每一个个体对待气候、食物、配偶等方面的差异，都形成了不同个体的独特性。正是这一点，使生物学重新接续了博物学传统，而将物种的概念还原到个体的概念。正是这一点，使达尔文在讨论 物种起源 时候，在重新回到关于 物种 的定义这一起点时，发现这个概念的定义，并不如他在游历回来时那么清晰和确切。因为在这个时候，一个稳定群体的个体变异，不得不被看成一个新的物种。^19这一结果使得 物种 这一概念的有用性变得非常可疑，出现这一结果的原因是在达尔文时代遗传原理尚未被揭示，而只能根据生物外形的特征和结果来理解其间的变化动力学的结果。
尽管如此，达尔文始终坚持共同由来的观点，而这很可能是达尔文学说中，最少争议的部分，后来的争议，所发生的是围绕如何证明这一结论的方法。这一假说的出现使自然史中混乱的现象，变得具备充分的可理解性，甚至林奈的分类系统也变得更容易被整理成为一个谱系，生物混乱古怪的分布，也可以通过倒推其祖先扩散的方式来加以考察。这种体系的充分有用性和可理解性，使达尔文在《物种起源》的最后写道：
最后，这一章已经讨论过的若干事实，依我看来，是这样清楚的明示了，栖息在这个世界上的无数物种、属和科，在它们各自的纲或群的范围之内，都是从共同祖先传下来的，并且都在生物由来的过程中，发生了变异。这样，即使没有其他事实或论证的支持，我也会毫不踌躇的采用这一观点。^20
这或许预示了从一开始，达尔文便已经意识到其理论适用于人的可能性，并在该书第15章的复述中说道：
过去，曾经而且现在还在进化着，这种观点是及其壮丽的。^21
但是，在写完《物种起源》之后，达尔文并没有立即发表关于人的进化的言说，而又再过了12年之后，才发表《人类的由来》以继续前书暗示的观点，这被古尔德称为 达尔文的拖延 。^22古尔德认为，^23达尔文花了极大的精力用于自然史上的旁支末节，比如兰花和藤壶的研究，甚至出版了一本极其晦涩的书籍《论英国和外国的兰花借助于昆虫传粉的种种技巧，并兼论杂交的优良作用》（1862）。在这本书中，达尔文论述了详细而不厌其烦地考察了自花传粉的兰花通过昆虫完成异花传粉的各种策略，[^24]但是尽管兰花和昆虫的策略是如此精巧，却不是最有效率的做法，兰花利用了和其他花一样的普通信道，却发展出非常复杂的装置，来完成其他花朵轻而易举的行为。如果上帝的造物必然是完美的话，那么，上帝关于兰花的设计，不是一个理想的工程师基于效率和完美而成的产品，因为，一个聪明的工程师，不会做一种如此迂回而没有效率的设计。于是，在这部极其晦涩而不起眼的著作中，达尔文揭示了上帝创造物种的不可能性。达尔文写道：
这种奇怪的部分，属于不再流通的邮票，
按照我的带有修饰的由来观点（进化），痕迹器官只不过是无用的解剖结构，作为祖先功能的痕迹被保留下来，^25
正是这些退化的结构，泄露了生物进化残存的痕迹，而不是上帝全能而完美的设计，而对这些退化结构的考察，使达尔文的进化论完成了对设计论的攻击，而发展成为一种真正的意识形态，并发展出了关于人的进化论。在这一意义上，达尔文的拖延和对兰花的考察，使其关于进化的理论穷尽其所能达到的极限而趋于圆熟。^26
在达尔文所有的理论中，最核心的部分是共同由来理论，基于他在游历中的见识，他目见了生物变化的连续性，并由此发展出共同由来的想法；渐变论，则是为了保证连续性的存在；而自然选择和变异，只不过是因为达尔文因为不懂得遗传机制和原理而采取的一种不得以的做法。
达尔文的进化论，和牛顿体系一样，其深远影响在于使人们对世界、对人自身，对人的制度，全部重新进行系统的思考。这种影响，随着时代的变更和读者知识背景的不同而一直持续。^27在达尔文所处的时代，进化论令人震惊之处，在于其从一开始，便在《物种起源》中，以一种明确不同于已延续多年的被纪录于《圣经》中的上帝在虚无中创造了世界及物种的观点而出现。进而，在《人类的由来》中，当达尔文明确宣布，人乃是从某些低级类型发展而来，
人，尽管有着他一切的华贵的品质，有他高度的同情心，能怜悯到最下贱的人，有他的慈爱，惠泽所及，不仅是其他的人，而且是最卑微的有生之物，有他的上帝一般的智慧，能探索奥秘，而窥测到太阳系的运行和组织，有他一切一切崇高的本领，但，在他的躯干之上，仍然保留着他出身于寒微的永不磨灭的烙印^28
时，便引起了《圣经》原教旨主义和进化论之间，延续几个世纪的缠绵不休的战争，并一直延续到20世纪20年代和90年代，美国法院，关于教科书中 进化论 和 神创论 课程设置的两次不同判决。
在《物种起源》出版之后的20年中，英国和其他国家的许多生物学家，都逐渐改变了长久持有的物种不变的立场，转而支持物种进化学说。此时生物学内部，所引起争议的问题并不在于共同由来或者自然选择学说，而在于进化是通过微小变异累积，还是通过重大突变（或革命）起决定性作用的。^291889年，华莱士在《达尔文主义》一书的序言中写到：
现在反对达尔文意见的，主要针对的是物种发生变化的方式，而不是物种变化这一事实。^30
这充分表明了当时生物学界内对待达尔文进化论的态度。
但达尔文的真正影响，并不在生物学界之内，而在生物学界之外。这表现为达尔文不仅和华莱士一起，提交了一篇富有争议的论文——对一个假说做了一个陈述，并在前人的基础上，将收集到的证据和实践所得的经验，用一个整体逻辑相对自恰的体系串联起来，同时以一种令人信服的方式，陈述了任何单一物种的个体自然无限变异的事实，并通过 自然选择 这个概念，说明环境和变异个体之间的互动作用，由此完成生物具有共同由来而且处于不断进化之中这种假说。这一体系，尽管完整却不严密，特别是由于达尔文缺乏对遗传机制的了解，使得他只能从一种事后诸葛亮的角度，根据物种演变的结果重新列序说明进化的发生，而无法真正从本质上说明物种或个体是如何变化成为另一物种或个体的。但达尔文从解剖学、古生物学、育种试验等方面收集了大量证据，并充分利用修辞和行文的力量，让民众得以简单而清晰地理解他的思考，这使得他的著作成为一种真正科普意义的畅销书，也使得达尔文主义更容易作为一种意识形态传播开来。^31
不同的达尔文主义者，分别信奉达尔文学说中生物进化、共同由来、物种增殖、渐变理论、自然选择各部分的混合物，但在不同的国度^32和领域，这些信奉者根据自己所信奉的，重新阐发了这一学说。尽管这些达尔文主义者之间存在着很大的差异^33，但在一个问题——共同由来——上，这些人的观点是基本一致的。对他们来说，最本质的就是要确定进化到底是一种自然的、非神力控制的事件，还是受上帝控制的现象。^34并根据这一标准，界分出不同的两大阵营。正是共同由来理论及进化这一核心理念，成为正统神学及基督神学—牛顿主义之外一种新的意识形态和方法论，吸引了哲学家和思想家的进入而真正成为一种影响社会整体知识认知的意识形态并渗透到其他学科中去。
希腊哲学、基督神学和牛顿体系，追求的是自然界中的必然性和规律性，其关注的是一致性。尽管基督神学关注的是神恩沐浴下的一切，而希腊哲学和牛顿体系注重的是没有时间性的自然规律和必然逻辑。在希腊—牛顿体系视野下，自然没有历史。^35人类和低等生命形式一样，有逻辑但没有时间。所有的知识追求，乃是试图在人生各种变化无常的偶然性背后，追寻事物发展的永恒不变的规律。自启蒙运动及科学革命以来，在基督神学和牛顿体系形成基督—牛顿主义以后，社会科学、人文科学发展深受自然科学的实证主义（positivism）^36影响。其结果是首创 社会学 （sociology）一词的孔德（Auguste Comte）及其老师圣西门（Saint-Simon），都立意要把自然科学的理想、原理、原则和方法，应用到社会科学及人文科学上。通过建构一套像自然科学那样严谨的社会知识架构、系统和体系，以全面理解社会现象和解决社会问题。在《物种起源》和《人类的由来》中，达尔文整合了动物与人类的生物性区别，同时演示了在时间次序下物种如何演变，隐含着人类社会也可能遵循与自然世界同样的原理。这一结果，在方法论上，如同卡尔·波普尔所指出的：除了“通过以纯物理的语言，解释世界上存在计划和宗旨，在原则上，可能把目的论归结为因果关系”之外，达尔文的“自然选择”学说是一个一般化的历史解释。^37这种历史解释的表现，比如关于退化痕迹的考察，很容易被扩展到其他主题中去，^38这样一个带有时间历史性的观点，是和某种因果关系结合在一起的。这在方法论上，显然不同于希腊哲学和牛顿体系中无时间性差别的因果必然关系。牛顿体系是一个静态图景，而达尔文主义则是把焦点引导了具有时间性的变化上来。
由于引入了 时间 这一因素，使事物在不同时间状态下的变化，成为被关注的焦点。在哲学思潮上，从康德经浪漫主义者到黑格尔，完成了一种类似达尔文在生物学上的工作，指出世界本身乃是处于变化之中，而这种变化乃是在外在形式上可以被观察到的。^39牛顿体系对于物体的运动，重点表达的是一开始状态所引起的惯性和引力，而达尔文主义和自然选择学说，则强调了后天的因素。也即是说，不必假设在植物和动物背后，有某种不变的本性在发育，而是后天的各种条件和原因，诱导使其成为后来表现出来的面貌，所要求的先天条件，只是某种不断的变异而已。只要环境能有足够量的变异和竞争，则通过这种变异和竞争，某些生物形式将因为更能适应环境而生存下来。这样的一种观念，伴随社会过程的急剧变化，以及刚刚挣脱了神权和王权束缚的各种力量的兴起，形成一种强烈的进步观念，并引起各种变种。比如，斯宾塞（Herbert Spencer）[^40]将 自然选择 变化为 适者生存 学说，然后进一步把生物界进化论几乎直接引进社会学中，认为社会就如大自然的环境，人犹如一切生物，在艰苦的现实中残酷竞争，寻求生存；个人、人种、社会组织和社会制度，都在接受现实的考验，最有适应力、能战胜别人的强者活下来而弱者被淘汰；一代一代这样子的 汰弱存强 ，就是人类和社会的进步。[^41]
但是，达尔文的方法论本身带来的最致命的困惑是偶然性问题，由于随机变异成为物种变化的真正原动力，这使得达尔文式的进化不具有任何目的论的特征。进化并不意味着进步 evolution is different as progress ，进化仅仅意味着一种随机变异与环境之间相互作用的结果。达尔文认为进化没有方向，进化并不导致更高等事物的出现，生物只不过更加适应它们的环境，这就是进化。达尔文一直用 decent with modification 来描述他眼中的形式的变化，只是在《物种起源》的最后一段才用到 进化 这个词语。[^42]但从逻辑上看，达尔文以来的进化论观点中， 适者生存 这种观点本身便是一种博物学家一直坚守的环境与适应之间的互动生存理论而已。此时的进化是纯粹物质性而不具备任何目的性的变化。同时，自然选择 这个词语成为一个同义反复的套套逻辑结构而已，而不具备任何目的性的适应度标准。只有人为的将这种进化的序列重新排列得到一种终极判断标准之后，进化才成为进步，而进化也获得一种目的论的意义。[^43]19世纪形成的进步幻象^44，经历了两次世界大战以后，在意识形态上的遗产，很可能便是带来人类对于偶然性世界的重新理解，而另一方面，则可能是深深的虚无主义。
[^3]: 参考皮特·J.鲍勒（Peter J. Bowler），《进化思想史》。
[^4]: 布丰，Georges Louis Leclerc De Buffon，1707—1788年。
[^5]: 即是说，由于不存在先验标准， 猪 、 狗 乃至 人 这种物种上的归属可能无法被定义，这意味着关于生物的历史应该是个体的历史，而不是整体的历史。布丰的观点，有着一种彻底的个人主义，意味着每一个个体生命，均有可能是独特而不可被归约和分类。直到达尔文之前，占主流的一直是类型学的思维，在很大程度上，这种思维已经融入了生活的语言之中，比如人们利用山、水、马等名词来指称不同种类的物体。甚至，诸如 河南人 、 盲流 、这种集体名词进行分类的时候，均是采用了这么一种类型学思维，而忽视了每一个人都是独特的，没有完全相同的两个人这一事实。
[^7]: 拉马克，Jean-Baptise Larmarck，1744—1829年。
[^10]: 参考皮特·J.鲍勒 Peter J. Bowler，《进化思想史》。
[^11]:从康德到浪漫主义之间，进化，这个源自亚里士多德的“形式”变化概念，在浪漫主义运动之后，到黑格尔的哲学， 形式 变成一个进化过程。进化论学说意味着 形式 的可变化性，即是 形式 将由过程的条件决定。见米德 George Herbert Mead，《19世纪的思想运动》中第8章《演化成为一个一般观念》，中国城市出版社。在这一点上，拉马克—达尔文的观点，都表现出和这一思潮的相关性。
[^24]: 这在经济学上，可以称为——兰花和昆虫的种种 合谋博弈 ，以达到生存（最优 pay-off）的策略。
[^40]: 斯宾塞和孔德一样，把社会比喻为生物有机体（organism），但他对 社会动态 social dynamics 兴趣远大于 社会静态 social statics 。斯宾塞曾一度主编过《经济学家》杂志，并且是在非常熟悉政治经济学之后，才转向进化论研究。
[^41]: 这就是社会达尔文主义（social darwinism）。这种意识观念导致的结果，除了产生放任资本主义（laissez-faire capitalism）这种彻底的竞争之外，也产生了极右法西斯军国主义。德国19世纪初至20世纪中的百多年中，日本19世纪中至20世纪中的百年中，社会思潮和文化哲学的主体、主流都以社会达尔文主义为总方向。日本现代化初期学英国，后来转向学德国，而这种思潮和文献，转到中国，便成了严复的《天演论》，严复在《天演论》导言的评论中写
自达尔文出，知人为天演一境，且演且进时，意味着严复所理解的进化论，更多的是带有类似斯宾塞目的论的进化论，而不是古尔德所理解的真正达尔文理论。在中国，这种思潮，伴随民族和救亡的问题，重新嫁接在儒家传统之上，影响了中国此后的走向，相反，英人在香港实行殖民统治百多年，无意间、间接比较全面、整全地传承了英国文化的经验主义、功利主义和怀疑主义哲学和思想，然而只是应用性的，没有生根。
[^42]: 古尔德，《自达尔文以来》。进化 一词是1744年由 Albrecht Von Haller 首创，用于胚胎学理论。《牛津英语词典》将这个词追溯到1647年H.More的诗：
外形的展示（进化）弥漫于世界广布的灵魂中。
[^43]: 这一点，清楚地为哈耶克所意识到，他在《人类价值的三个渊源》中《进化、传统和进步》一节中写道：
到目前为止，我一直小心翼翼的避免把进化和进步视作同一回事。但是，在我们明确知道正是传统的进化使文明成为可能之后，我们至少可以说，自生自发的进化乃是进步的一项必要条件，即使不是充分条件。正是在最原初的随机变化的无目的性的达尔文理论的意义上，哈耶克使用了
自生自发秩序 这个词语，这可以窥见哈耶克理论中的进化论渊源。
任何知识，背后均隐含着一种方法论，否则，知识不能成为知识，而只是信息。而方法论则倚赖于大量信息的积累并系统化成为知识才能体现出来。
在生命被抛入世界之后，人类对赖以生存的自然环境和物质世界的认识与理解就开始了。人类采集并狩猎到充足的食物以维持生存。随着食物及时间的盈余，关于自然的标本相应地被收集起来，并积累形成越来越庞杂的知识，这即是后来的博物馆和博物学[^1]。每一个标本和样品，都有其自身与他者不同的独特之处，这种独特之处，并非依据任何知识体系，而是来自收集者耳濡目染、日积月累的知识来区分的。^2所进行的收集和研究，几乎完全由个人兴趣、身处环境和机遇而定^3，在纸张等媒介载体能够低成本为公众得到之前，知识的积累，很难达到一种较大规模，并进而分门别类形成复杂精致体系的程度。^4相反，更多的是以某些简单的思维，比如最简单的二元对立思维，串起零散知识，形成便于理解的系统，从而简化知识，方便记忆。^5这是最简单的方法论。
在西欧基督神学是知识传承的主要载体。这种神学的方法论渊源是上帝从虚无中创生世界的信仰，并进而演变成为道成肉身的神学，其背后的方法论是从精神中可诞生出物质实体的信念：^6冥冥之中，以为有上帝无所不能、全能全知的神力在，有赖于神溢出之光，人得悟上帝之道。无论世界存在，或是人之生存，均以神为终极原因。这种信仰实质上也是一种方法论，不但为人类提供精神支柱，也同时为世界的运转提供可理解性，这种理解性表现为在神的荣光和大能之下，无论偶然，或是必然，均为神之意旨。^7进而，这种知识图景在西方基督教表现成为奥古斯丁将天和地对立起来的 上帝之城 概念：天与地完全不同。天上是完美、永恒、不变，由完全不同于地面世界的物质构成，以不变的恒定规律运作；而地上，事物以不规则的方式运作，繁荣的世界会衰败，事物有生有死，前一刻盛世和谐、歌舞升平，下一刻繁华事散、尘土散落。高度自由的无序偶然，随时可能侵入看似坚实而有秩序的铁幕。[^8]除此之外，其他各种学说，比如占星术、巫术、炼金术、四元素说、四体液说、托勒密本论等，也以各自的体系和方式，为纷繁复杂的自然和世界，提供了不同的知识图景。
待到阿圭那综合并吸收了亚里士多德学说之后，由于教会和神学的纷争，自然神学得以另立新说，从而开启另外一种关于宇宙和世界的知识印象。尽管限于时间积累，自然神学远没有启示神学来得精致，但却机缘巧合的伴随时代的潮流，[^9]形成新的思考模式。地理大发现带来大量的新鲜事物^10的同时，关于自然思考的范式，也从传统神学处发生转化，这就是所谓的科学革命。^1117世纪的科学，没有哪方面像方法论的变化以及方法论的变化带来的结果那样富于革命性。^12
在这一事件中，先驱们沿着自己的方向，拓展自己非传统神学的知识学视野。开普勒利用第谷观察得到的数据，得到关于行星运转的定律^13。伽利略则完全无视甚至嘲笑开普勒的结果。他沿着另一个方向，开拓不同的知识领域，除了用更精细的望远镜观察天空外，他专注于地面物体的运动学和运动定律研究。^14在这个过程，实验方法被引进来，以某个特殊的事例，来说明他们所要表达的原理和规律。^15而笛卡儿尽管他的学说是以实验和观察为基础，但他所阐述的经验和概念，却是非经验主义而带有思辨传统，他试图用一种物质还原论的机械论哲学，来重建物理学传统。这些实验成就和方法上的变化，如果没有形成一种文化上的意识形态或者形而上学的话，对于此时占据主流话语权的传统神学来说，根本构不成一种威胁，甚至相较于经过千百年积累的神学所形成的高度精致微妙的思辨性学说而言，这些实验，只能看成一种有趣的杂技，而风马牛不相及，真正将这些实验成就，变化为一种文化意识形态的是牛顿，影响了传统神学关于宇宙和物体运动的知识学图景的也是牛顿。
尽管后来发现的牛顿手稿表明，他花了非常多的精力用于炼金术、圣经解释、年代学等的研究，但在科学上，牛顿的成就在于用一组定律统一了开普勒关于天上的行星运动规律和伽利略关于地面物体运动规律的解释。^16这打破了自奥古斯丁以来的传统解释，形成新的解释：天上的行星和地上的物体，实际上是遵循同一种规律在运转，天界和地面的运转并没有不同。牛顿进一步地将自己的实验和观察，发展成为一种体系。这种体系实际上是一种纯数学的结构和想像的系统——它不是一个简化了的自然事件，而是一种实在的（物质）世界中根本不存在的纯属虚构的系统。^17然后牛顿把自己构造的数学体系，和实在世界进行对比，并做了进一步修改，当形成两个共同的引力中心时，便可以得出开普勒的椭圆形运动轨道。当引入更多的引力中心，这个引力体系可以进一步用来描述太阳系诸行星和卫星的运动轨道。于是，通过这种不断重新放松条件的修订，这个数学体系被改造得能越来越精确地描述外部世界，最终在《自然哲学的数学原理》中，牛顿建立了一个普适的数学体系，对自然界中各种物体在低速运动时进行经典地力学解释。
与其他开拓者比较，牛顿成就的关键在于，他既不同于笛卡儿试图将物理学建立在纯粹的形而上学基础上^18，也不同于开普勒和伽利略等专注于实验现象本身，而是在高度技巧性的在物理学观察基础上，建立了一种数学上的形而上学。非常碰巧的是，他所研究并演绎出来的数学体系，在具备高度精密性和普适性的同时，非常幸运地和自然无意识物体的运动规律高度吻合。^19 这种简洁的理论体系，在改变了传统神学关于天上和地下两个世界不同观念的同时，又以高度的秩序性和统一性创造了另一种秩序感和意识形态。牛顿身处的时代，正是神学纷争混乱的时代。如同自然神学所预期的，牛顿的知识成就为这种纷争提供了一个理性的基础，使那些对传统神学失望者重新获得了对一种新的世界秩序的期待和希望。同时，牛顿的成就还在于他提供了对自然解释的另外一种方法：数学理论。相对于传统神学的理论框架，这种理论的优势在于对自然的实际运作，它能进行更贴近的描述、构建更逼近的模型。^20这种方法论^21使物理学科得到广泛发展并可以被定义成为：专注于发现、发展和提纯能用数学分析处理的实在性的学科。^22在牛顿体系之后，物理学科的知识得到高速地膨胀。[^23]并在此后200年以充分的意识形态化深刻影响着此后的知识体系和社会思维的发展。^24
与传统神学不同的是，尽管牛顿的形而上学体系，相对于传统神学而言，更加精确地描述了这个可能的物质世界的动力学方式，但却没有为这个世界的存在提供一种目的性。这种方法论本身，只在于通过科学观察和科学实验，完成一种理论上的对世界运作方式的近似说明，表明事物实际如此，但却没有说明事物为什么必须如此。在报告了因果相关性的同时，却没有提供一种为什么必然如此的目的性解释。甚至，为什么逻辑必然性和自然因果性可能是重合的，都没有得到必要的怀疑和反思。[^25]正是这种只揭示事物如何运作，而不揭示为什么发生的工具特质，[^26]一方面，促成了科学和神学，在关于事物实际上是如何运作的说明方面的竞争和冲突，另一方面，却由于这种对目的因的不做说明，而为神学和亚里士多德的目的因留下空间，^27人们普遍认识到，日常生活中，常见的人类行为的目的因说明是不成问题的，因为它们确实是平常的因果说明，其中的原因是欲望和信念。这种欲望和信念，提供了一种自然科学中所缺少的可理解性。^28这种理解性形成自然神论这种 基督教—牛顿主义 决定主义形式，并使设计论这种科学—神学的共谋^29在19世纪成为一种令人满意的对生物有机体的说明。
[^1]: 在18世纪时，博物学这个词指对自然界中，包括从宇宙到昆虫，任何物质的叙述。而博物学则是类似集邮的工作，通过不断收集标本，以广泛认识自然之神奇。17世纪以前欧洲的博物学，实际上是一种类似目录的列举，而不是一种系统的分类。分类和列举的区别在于，进行分类时，划分必须满足以下三个条件：划分是相应相称的，否则是 划分不全。划分的子项必须互相排斥，否则会 子项相容。划分的根据必须同一，否则会“混淆根据”。
[^8]: 上帝之城 这种理念，或许反映了奥古斯丁内心，对于野蛮人的深深恐惧，以及自己作为文明的知识精英，与野蛮人共存于这个世界的耻辱。
[^9]: 随着大航海和地理大发现，带动了世界性的对自然物品和海洋的研究。大英博物馆、巴黎博物馆等大型自然历史博物馆相继成立，万国博览会召开，而各种自然物品被采集和典藏起来，并通过日益发达的书信联络，在爱好者和收藏家中互通消息。随着物品采集的丰富，各种专门化目录随之出现，有些博物学者专门制作各种 珍奇物 的名录；另一些则尝试将这些收集品组织成一个统一体系，并指出他们的目的，是揭示如约翰•雷（John Ray）的著作之名所言《上帝创造的作品中所显示的上帝的智能》（1691）；有些则追求一定程度的完整性而选择或一个地理的或一个主题的研究点。比如罗伯特•波洛特（Robert Plot）的著作《牛津郡博物志》（1677），以及吉尔伯特•怀特（Gilbert White）的《塞尔本（Selborne）博物志和古代文物》（1789）。有些则尝试通过选择一堆相关的主题而详尽地进行研究。比如约翰•伍德沃德（John Woodward）研究矿石和化石（1695）；德扎利尔•达让维尔（Dezallier d’Argenville）研究他所说的 博物学的两个主要部分 矿石和贝壳（1742）；维塔利亚诺•多纳蒂（Vitaliano Donati）主要研究亚得里亚海的动物群和植物群（1750）；鲁道夫•埃里希•拉斯珀（Rudolf Erich Raspe）研究 大海中新形成的岛屿 （1763）；约翰•威廉斯（John Williams）研究 矿物界 （1789），参见《剑桥科学史》。这些著作，大体上沿着博物学传统，以描述为主，中间也有一些解释，但整体而言，所见日新，而益知所学之浅陋，纵偶尔发现事物变化的机理和原因，也断不敢妄称为一种全称判断，甚至推广为整个自然界范围的普适规律。
[^23]: 一直等到爱因斯坦的狭义相对论提出之后，观察者不再独立于被观察的事物之外，而根据不同的时间—空间条件，作用于被观察的结果中，这种方法论的适用范围才受到限制。SSK（Sociology of Scientific Knowledge）学派从另一个角度，着眼于观测的误差，以及观察者进行客观选择的可能。
[^25]: 这个问题，在莱布尼兹和康德的学说中得到讨论。莱布尼兹曾试图证明，一旦物理学知识是完备的话，那么，关于自然界的定律，将被证明和科学的理论，是高度契合的。完备科学的套件（所有定律）在逻辑上将是必然的。并且存在一种逻辑上的不可避免性，使得定律所控制的自然历程被如此这般的演示出来。而康德，在充分意识到科学定律并非逻辑真理的同时，却试图通过引入分析和综合的区别，以说明自然基本定律的 先验综合性，以此统一科学定律和逻辑真理，在真正为自然因果律的逻辑必然性辩护的同时，说明此时的世界，乃是唯一可能的运作方式，这可以看成此后黑格尔《历史哲学》的先声。但很遗憾的是，如同我们后来所看到的，实际上，如同爱因斯坦所说明的，牛顿的理论，并非处处为真。而莱布尼兹和康德的理论，最终也仅仅成为一种形而上学上的努力而已。（《科学哲学》，罗森堡，上海科技教育出版社）而这个方法论问题，最终在其他社会科学引入了数学方法之后，成为理论世界对于真实世界描述时的一种先验怀疑：比如经济学中，某些事物具有相关性，但却不必然具备因果性。
[^26]: 这种特质，在经济学被彻底数学化之后，便形成 经济学不讲道德 的纯粹工具主义说法。
设计论 的思想渊源一直可以追溯到苏格拉底和柏拉图。希腊哲学关于万物着眼的是其间的秩序和配合。苏格拉底注意到，人体各个部分，尽管看起来非常复杂，配合起来却非常契合，这充分显现了一种非随机偶然的精致。^1亚里士多德创建物理学，则以为宇宙万物，静止时有其天然位置，运动时则有其目的。^2
犹太教义不同于希腊哲学。《旧约》第一句说：
起初，神创造天地。
而后整部《旧约》圣经，将一切可思议、不可思议者均与神力有关^3。在犹太教的希腊化时期，亚历山大城的斐洛用柏拉图学说重新解说《圣经》。一方面，上帝从虚无（ex nihilo）中创造世界的犹太式断言被继承下来，另一方面，上帝存在也被认为可以通过实际世界的现象得到证明。^4得到上帝因善而创世，万物受造于神，经由神发出的光认识神之存在的说法。由是，信仰和理性开始合流。这两者之间的差别是，希腊哲学着眼于万物之间的规则，接近设计论；犹太神学重神之光，接近创生论。
在基督教兴起并成为罗马国教之后，西方教会的神学以奥古斯丁的思想为主流。奥古斯丁的学说纷纭复杂，体系庞大。在《上帝之城》中，他认为人类文明起起落落，唯有神之国度永垂不朽。神之创世，为神至善至大能力之体现。而人则以对上帝的信心，在理性及秩序中感受上帝之爱，形成对神之信仰。由此综合信仰和理性，并进一步区分出两种启示：普遍启示和特殊启示。并形成两种神学：自然神学（Natural Theolosy）和启示神学（Apocalyptic）[^5]。普通启示^6为人依靠常规理性所能理解者，经由对上帝造物的理解，间接获得对神的认识。自然神学倚赖普遍启示，涉及人及人所处世界之可理解常识。特殊启示则为奇迹，如神现身说法^7，为人间所不可思议之事，为大奥秘，启示神学倚赖特殊体验，研究的核心，如三位一体、道成肉身、死而复活等非常识可理解之奥秘。这两种神学之间的差异，从后世看来，可以说是理性和信仰的差异，也是哲学和宗教的差异，但在奥古斯丁神学中，这两者均被看成获得信仰的途径，源自无所不在、无所不能的上帝对人的恩典，而无任何冲突。
奥古斯丁之后，西方基督神学的主流一直围绕三位一体的启示神学而展开，希腊哲学的影响日渐式微。12世纪，亚里士多德学说重新输入并形成经院哲学，才改变这一状况。阿奎那（Saint Thomas Aquinas, 1224—1274年）改变了奥古斯丁以信求知的方法论，而强调以知求信并以此打通哲学和宗教，形成兼具信仰与理性的系统化知识体系。阿奎那对上帝设计地证明，偏向于重新开始的希腊哲学思路，而非沿袭传统的奥古斯丁路线。[^8]
路德改宗，引起基督教会第三次大分裂^9。天主教和新教关于神学的论争，演变成为中欧三十年战争（1618—1648年）。随后，新教本身四分五裂^10，教义分歧严重，形成各种流派，自然神论即是其中一支。在新教的各种教义中，除自然神论之外，其他全部遵循传统启示神学路线，探讨有关道和圣灵的神学，唯有自然神论，立基于普通理性知识，更期望完全基于理性，克服宗派之争，而得到普世认可的宗教，故又可称为自然宗派。
自然神论者，以赫伯特（Edward Herbert，1583—1648年）、洛克（John Locke，1632-1704）为先驱，以廷德尔（Matthew Tindal，1655-1733）、托兰德（John Toland，1670-1722）为主力，主要包括17世纪和18世纪早期的一批作家，其作品及方法论，在于彻底背离传统的启示神学路线，而将教义还原到常识基础上。^11其核心观点是任何启示必须经过理性的判断，才可以当作是神所启示的真理。而这一流派用功的领域，不在传统经院哲学开创的逻辑思辨，而在于历史学，特别是宗教史，比如对《圣经》故事及早期宗教史的世俗常识还原。比如伍尔斯顿（Thomas Woolston，1670—1733年）对于耶稣复活的解释是：门徒通过向看守坟墓的士兵行贿，偷走耶稣的身体。而米德尔顿（Conyers Myddelton，1683—1750年）在Concerning the Miraculous Powers which are Supposed to Have Subsisted in the Thurch from the Earliest Ages一书中则通过历史解读，仔细地研究了早期教会关于神迹的纪录，说明神迹并没有经过相关目击者确认。^12这些努力的结果，是超自然的因素，被从历史记述中重新驱除出去，而历史学也重新接上希腊史学的思路，并开出爱德华·吉本在《罗马帝国衰亡史》中对于早期基督教士讽刺的描写，深刻影响到此后的历史学转向。
严格说起来，自然神论对于启示神学和奇迹的批判，所遵循的方法是历史学和常识理性，彻底背离神学和哲学结合的传统路线，另开一脉，才是主流传统的真正异端及对立面。从思想流变上看，这一路向转变的结果是，自然理性常识，从此不是完成信仰或者救恩的一个过程或者工具，而反客为主成为神之启示的终极裁判。[^13]这一宗派的真正影响和作用，不在于神学，而在于世俗社会——在欧洲，促进了启蒙运动；在美国，融进了《独立宣言》，形成政教分离的法律，甚至进一步影响此后数百年美国关于神学和科学的立场。[^14]在英国，自然神论这一宗派则带来的影响促进了人们对自然知识的追求-----对神启路线的放弃，转而研究自然 这一上帝的作品，以期理解全能者的智慧与全能。^15并经由自然研究中获得的确定性秩序，期望可以给混乱纷纭的神学战争一个信仰上帝的理性基础，无论其目的和价值取向如何，这促使科学间接得以兴起。^16
17世纪科学知识得到高速增长，许多影响后世的学科和思潮，其源头均可追溯到这一世纪。后世的科学史家经常将这种变化称为 科学革命 ，并一直将其起源追溯到哥白尼（Copernicus Nicholas，1473—1543年） 日心说 天文体系对托勒密的挑战。但对哥白尼影响的确认，是一种事后追认。^17真正使使一种新的物理学思维得以成形的，是伽利略、笛卡儿、牛顿等人在知识上的努力。^18如果说，真有一场科学革命的话，那么这场革命事实上是发生在牛顿身后的200年间，在这段时间里，牛顿的数学思想和经典物理学思想，充分演变成为一种意识形态和文化思潮，并影响了知识分工及各种学科的思维方式。如同以塞亚·柏林所说的
牛顿的思想冲击是巨大的，无论对它们的理解正确与否，启蒙运动的整个纲领，尤其是在法国，是有意识的以牛顿的原理和方法为基础的，同时，它从他那惊人的成果中获得了信心并由此产生了深远的影响，而这，在一定时期内，使现代西方文化的一些中心概念和发展方向发生了确实是极富创造性的转变，道德的、政治的、技术的、历史的、社会的等等思想领域和生活领域，没有哪个能避免这场文化变革的影响。^19
牛顿的成就对于神学的影响是，他大大拓展了人类对于所身处自然界规律理解的同时，使设计论成为一种流行的论证上帝存在的方式。设计论的理论要点是，除非我们求助于一个高度智能的智慧，否则一般事物之间的秩序，它们规律的、和谐的相互关系，便是令人类如此迷惑和不可说明的，对于自然和谐关联的敬意，使这一切归因于一个高度智慧的设计者。牛顿的发现和成就，将苏格拉底及阿圭那关于冥冥背后，有神之设计存在的想法，充分展开，并以其惊人的成果令人取信。此时作为工具的科学知识和作为终极价值的神学，充分紧密的结合在一起，每一次对宇宙迷人结构的新发现，都增加了对这个设计者的一分敬意。1691年，波义耳（Robert Boyle）设立了一个延续多年的讲座，用设计的卓越、宇宙的秩序与华丽等等，来证明世界有一位智慧的创造者。1691年，约翰·瑞（John Ray，1627—1705年 ）则出版了《体现在创造作品中的上帝的智慧》一书，列举自然界的复杂和精巧，加强这个论述。一直到19世纪30年代，仍有人在继续这种影响，布里吉瓦特伯爵（Earl of Bridgewater）留下一大笔遗产供编撰、出版系列论文集，以论述
上帝在创造作品中的威力、智慧和仁慈。
在这场设计论运动中，最常用到的一个流行的论证是手表类比。这个比喻的渊源可以追溯到西塞罗，但却是经由威廉·佩利（William Paley，1743—1805年）的推广而家喻户晓。他在1802年出版的《自然神学》一书中，描述了许多生物体复杂结构以及它们对环境的巧妙适应的例子，以说明苏格拉底所感受的，世界——特别是生物体的构造——是如此复杂而有序，它们不可能是一开始便如此偶然分布。设想你走过一片荒野，脚踏在石头上，你可能会假定这些石头一直就在那里，而不会追问它们是怎么来的；但是如果你在地上见到了一块手表，你就会奇怪它怎么会在那里，而且你知道这块手表不可能是自然而然地出现在那里的，一定是由某个手表匠制造出来的。他由此推论说：
在手表中存在的每一个加工的迹象，每一个设计的表现，在大自然的产物中也都存在着；并且，大自然的产物远胜手表，超出了一切人为的计算。
既然手表一定有一个创造它的手表匠，大自然也就应该有一个创造它的智能设计者，也就是上帝。^20这个类比随即成为18世纪自然神学家通行的类比。^21
自然神学家在使用这个类比时，实际上很少意识到，这种论证方式本身捆绑了神创论和设计论所包含的两种含义：发明和秩序。神创论重在 发明 和 创造，源自基督教的原始教义 神从虚无中创生世界 这种信仰。而设计论，实质上是一种后天的实证主义，源自苏格拉底—柏拉图—亚里士多德—阿圭那一脉。手表类比的逻辑，实质上是以自然界中高度复杂，鬼斧神工的物体之间的秩序、和谐，以人工的不可能来论证上帝的可能。^22设计论实质上是在阿圭那的教义之上更进一步，将经院哲学在逻辑上的逻辑必然性和关于自然世界的因果必然性隐含捆绑在一起。
但是，基督神学并不是超越于人世实际事务，仅仅存在于纯粹智力思辨上的逻辑体系，而是沿袭了犹太人的历史、并将这种传统和耶稣的生平捆绑在一起而形成的。^23在新教改革以后，从1650年到1850年，从斯宾诺莎（Spinoza，1632—1677年）到施莱尔马赫（Friedrich Schleiermacher，1768—1834年）这段时间，基督教信仰基础已经发生了变化。这种变化体现在，在过去，奥古斯丁以来，神学的主流一直是启示神学，作为属于常规自然知识之外的奇迹，一直被作为上帝对人世的救恩而被关注。但当斯宾诺莎在《神学政治论》^24第六章认为：
奇迹发生于自然之中，而不是在自然之外，所以必然是扰乱自然的秩序的，如果在自然中有不遵循自然律的什么事发生，也就违反上帝的性质和规律。
时，这种论述意味着，上帝必须是绝对理性的，而一种彻底理性化和纯化了的宗教，没有反复无常的神偶然干预的地盘，这彻底的驱除了奇迹的可能性。进而，100多年后，即19世纪20年代，施莱尔马赫基于神学传统，进一步在《基督教信仰》中推演了斯宾诺莎的方法，并将自然因果性归入逻辑必然性。^25
当设计论沿着这个方向将这二者统一起来时，带来的最根本原因和问题是，世界上发生的每一件事是否都是由上帝决定的？世界上发生的事情属于自然因果性领域，而上帝决定的问题，由于其不可见性而属于逻辑必然性领域。如果世界上发生的事情，不属于上帝的控制，那么，一个吞吞吐吐，犹犹豫豫的上帝，又怎么可能是全能全知的。反过来，上帝的全能和全知性，决定了世界上所发生的一切事情都必然并且必须在上帝控制之内，这要求自然界所发生的诸多事情之间的因果性，必然能够用逻辑必然性来解释。这种思想是死硬的神学决定论者，因为这要求自然的一切，皆为上帝所决定。^26当自然因果性和逻辑必然性的隐含同一，以将神创论和设计论所结合起来的手表类比，为世人所知晓时， 发明和自然法则 这种双重观念，在英国自然神学内部有一种不安的联盟，由于放弃了神启路线，转而走实证路线，自然神学始终注重于后天的实际例子和自然法则，而从没有着力于创生和发明这一部分的神学思维，从而最终以自然法则吞噬发明思想而告终。^27
在威廉·佩利的 手表类比 中，用来作为实证说明的，究竟是自然的实例，还是关于这些实例背后的规则，一直是设计论中被模糊而困惑之处。老派的神学家，多强调自然之物，这些物品有着明显的标记而非偶然存在。而查尔斯·巴比奇（Charles Babbage，1791—1871年）在Nith Bridgewaterr Treatise中，则将上帝设计定位于自然规则，而不是设计实物，在巴比奇的概念中，上帝只是创生了设计规则，而不是真正动手去设计实物，上帝便如一个躲在幕后的行家，通过不可思议的法则，控制着剧本和整体演员的表演。威廉·邓勃斯基指出，尽管看起来，巴比奇的设计论思维更加精巧和聪明，但在神学上，这导致的后果更加严重。因为自然规则是以无位格的必然性产生效果。一旦将设计论定位于自然法则，它便成了一个空洞的比喻。因为，一只手表是被设计的，乃是因为理性的人，通过观察，可以看到这只手表被设计的过程和配合的程序。通过这只手表，便把发明过程说清楚了，因为事实本身已经通过结果说明。而将设计定位于法则，当说设计手表的法则是被设计的，则完全颠倒了逻辑因果而使说明变得不知所云。但是，这两者的区别，并没有为早期英国自然神学家所意识到。18世纪的神学家，将神创论和设计论捆绑在一起，使用自然的实物来论证背后的神的存在。达尔文的攻击，正是针对于设计论的攻击，而最终以一种文化意识形态的方式，影响到神创论，并最终危及基督教的终极信仰而成为基督教的敌人。
[^5]: Apocalyptic这个词源自 约翰启示录 。
[^8]: 与奥古斯丁不同的是，阿奎那进一步指出，经由理性对于神的认识，可以独立于上帝的恩典之外，而上帝的存在，倚赖理性也得到证明。在《神学大全》中，列举了证明上帝存在的五条论证，其中第五条为：有一个具有智慧的存在，这个存在使得自然界的万事万物都趋向其最终目的，因此我们将这个存在称为 神 。由此，阿奎那被教会判为异端，直到后来时代潮流转变之后，才又被捧为圣徒。见《基督教神学思想史》，北京大学出版社。
[^13]: 简单地说，奥古斯丁的路线是：我信—秩序中感受上帝之爱—印证信。阿圭那的路线是：无须倚赖神启而获得信，单凭理性常识，便可知神之存在。可以说是因知识获得之确切而获得信仰。17世纪以来，科学以工具理性的面貌出现，与信仰上帝之爱不再有关。当汪丁丁说在 知识的尽头获得信仰 时，可以说，是重新回到阿圭那，沿着不可知论的路线，以另一种方式，通过知识这一途径而获得信仰。
[^14]: 在欧洲，自然神论为以后的启蒙运动铺平了道路。启蒙运动兴起的结果，是思想从神学和教会的监护中解放出来，获得自由，作为个体的人，通过理性思考进行自我启蒙。进而，纯思想的争辩，演变成为法国大革命的流血斗争，深深的影响了此后的欧洲世界。在美国，则以其倡导者的名声和实际所为，而影响更为深广。这些倡导者包括托马斯·潘恩（Thomas Paine,1737-1809年）和托马斯·杰斐逊（Thomas Jefferson，1743-1828年）和本杰明·富兰克林等。托马斯·潘恩以《理性时代》和《常识》等著作，用一种 积极自由 的形式，影响了美国的独立，托马斯·杰斐逊则起草了《独立宣言》（The Declaration of Independence），宣言显露了（radiated）作为包含个体成员的社会享有他们的自然权利以及追求他们自我决定（self-determined）目标的愿景（vision）。同时，托马斯·杰斐逊和本杰明·富兰克林一起，将政教分离的原则，写进了《美国宪法》。
科学知识的创造，在当代，表现为一种群体之间的合作，而不再和早期一样，纯粹依赖个人好奇心的自发创造。现代科学被认为具备以下四个精神特质：普遍主义、公有性、无私利性、有组织的怀疑精神。[^1]科学家们倚赖这些信条行动，并潜在地据以规范其行动。科学家们被描述成为一个道德共同体之间的成员，来自科学家同行的默认制约，以及相应荣誉激励的激励机制，使科学知识得以积累。但如同罗伯特·默顿进一步指出，从业人员之间的实际互动，不是如一般公众所认为的，由于其对于真理和事实的追寻，使科学家们表现出相应的道德高尚和谦逊精神。事实刚好相反，科学家并不是作为道德高尚者而行动，比如他们会不择手段争夺优先权。^2
关于科学的游戏规则，布鲁诺·拉脱尔认为：科学看起来更像是一个霍布斯所描述的战争——一个一切人对抗一切人的战争，科学的每一个行动，只不过是在一个十分混乱的战争环境下，所采取的一种权宜策略而已。而科学活动，实质上是一种赤裸裸的政治活动，是一种人与人之间的联盟和攻击，是一种谋略家的连横和合纵的行为。这种政治学观点使科学看起来更像一种阴谋行为，而公众所享受到的科学成果，只不过是野心家和阴谋家斗争之后的副产品而已。^3布鲁诺·拉脱尔这种极端的观点，显然很难被习惯了科学的公正面貌的公众所接受，但却更符合经济学理性人的假设。
比较温和的观点是库恩的 范式 说。库恩^4认为：后人在教科书中所熟悉的科学话语体系，实际上由大量术语构成，但这些术语之间的逻辑联系，要比表现出来的更疏松。一开始，这些术语并不存在任何一种意见一致的定义。^5共同体的知识能够积累和发展，仅仅是因为成员们在实际生活中，学会了调和他们之间的分歧。调和的做法则是通过接受某些事例作为基准，并以这些基准事例为基础拓展以后的工作。库恩将这些事例，称为 范式。[^6]库恩指出^7，科学共同体 和 范式 这两个词语，无论在实际上还是逻辑上，都很接近。[^8]直观的看，科学共同体 是由专业工作者组成，他们由于接受的教育和知识背景而联系在一起。共同体具有如下特点：内部交流比较一致，同一共同体的成员在很大程度上，使用同样的文献，引出类似的结果。不同的共同体注意不同的热点问题，从而造成越界交流的困难。
库恩试图将 范式 分解为：符号概括、模型、范例这三者来描述科学体系的演化机理。但库恩的描述并不是十分清晰。[^9]这个问题可以借用经济学博弈论的机理解释如下：当一个个体参与到一个群体中去时，通过参与群体生活，个体慢慢的认知并理解这个团体的传统，每一个新的个体的参与，在遵循传统的行动过程中，都加入了自己的判断和理解。不同时间点上的整体面貌，形成不同传统。[^10]如果两个时间点上，两种整体面貌出现急剧变化，那么，便是发生了库恩所谓的 范式 革命，这意味着群体对于传统的认知及共识的变化。^11需要解释的是，这种变化过程如何进行。
在 科学共同体 中，过往每个大家集体认同的主张都会被纳入科学系统成为其中的一部分，当观察到新的结果时，那些以前已经确认的事例，将成为前提协助科学家决定这个新的结果是被作为新的例子加以接受，还是将其排除。判定接受或者排斥的依据，是这个团体通过长时间习得并默认的知识，这些知识作为“默会知识”存在于团体中每个人的心中，而不是存在于某本百科全书或权威圣经中^12。
由于知识的积累和分工，大量知识导致知识出现分立[^13]，如何解决这种分立带来的认可问题。解决的机理是一种相互认可的做法：从事某一具体分支的研究者，对于知识结构中所缺乏部分，可以依赖于同一团体中其他科学家的知识进行互补。而那些团体不熟悉或者难以判别的见解，则依赖于整体组织行为的认可。具体的认可过程是：每一个成员都认可并评判少数的几个同伴，而他的同伴，也同样通过认可的形式，来判断他是科学家，这种结构，由于每个人都处于不同的几个圈中，最终每个成员都会被团体中的其他成员所认可。这种关系链条，成为一种循环结构的链条。^14在这么一种体系^15中，通过将大规模的知识认可分解为更小规模的互相认可，最终可以将被分立的不同部分的知识形成一种共识^16，再由这种共识的相互认可，进一步形成团体整体的 范式。^17。在每一个时间点上，科学共同体 分化为大量的小群体^18，每一个成员通过与其他小群体互动，获得了小群体的 共识。整体上一旦大量小群体均表现出相同或者逻辑一致的理解和模式，那么，范式便形成了。当小群体的共识发生碰撞，并导致整体的认知危机，从而走向另外一种共识时，便发生了 范式革命。^19
通过理解这一机理，再来回顾霍布斯和玻意尔之间的争论，他们之间的分歧可以看成是不同小群体之间的共识冲突，而玻意尔的身份、地位及社会影响力，使他能够纠结皇家学会的其他成员的力量，形成一个更有势力的群体，再来和霍布斯博弈并最终打败了霍布斯。在这个过程中，知识的正确性实际依赖于成员整体的社会过程。[^20]后世所习见的科学组织的各种游戏规则，便是这样由不断累积的博弈过程逐步形成，而科学知识则在这一过程，和科学组织及其成员共同演化。
[^1]: 科学的普遍主义表现为关于事实真相的断言，无论其来源如何，都服从于先定的非个人的标准，这同时也意味着 科学完全独立于国界、种族和信仰 ；科学的公有性，意味着科学的社会发现，乃是归社会所有，以发现者名字命名的定律和定理，并不为发现者及其后代产权所有；科学的无私利性要求，表现为强烈的莫名其妙的好奇心、求知的欲望以及对于能被用于贡献给人类公众的无私追求，这一充满强烈的道德说教的准则，并不符合经济学上所赖以假设的基本信条；而基于怀疑精神和实验精神之上，对于各种理论的质疑保持了科学的开放性。罗伯特·默顿《科学社会学》。
[^6]: 这个名词甚至比库恩的理论和观点本身更为热销，类似的例子是吴思提出的 潜规则 一词。库恩提出 范式 一词后，由于其 好用性 而被进行了多种阐释而引起大量争议和误解，使12年之后，库恩不得不再度阐述并澄清这个词语。
[^8]: 库恩并没有使用混沌理论，但用一种类似的术语，可以说，范式 乃是 科学共同体 的分形，或者按照经济学术语，在科学博弈中，范式 ”和 科学共同体 是同时决定的。
[^9]: 尽管库恩试图用各种事例和哲学名词，以让读者更清晰的理解他对 范式 的理解，但库恩很遗憾地表示，一个 科学共同体 不能单纯依赖于共有规则来说明，共有实例发挥了共有规则的认知功能。如果人们理解了这种思想，那么 范式 这个词语就可以被省略掉。
[^10]: 如培顿·扬在《个人策略与社会结构》说：
制度是由许多个体积累性经验经过长期发展而出现的，一旦它们互相作用结合成一种固定期望与行为模式时，一种制度便产生了。韦森理解为，每个社会人的直接生活空间，并不是生活在抽象规则中，而是生活和个体和物质的实在世界之中，人们通过社会交流和社会博弈，生成和积累关于
人如何成为人 的知识，而这一系列由经验、理解、意义、语言、信息所构成的知识及观念体系，便成为文化模式。
[^13]: 哈耶克认为知识是分散在不同人手中。这即是所谓 隔行如隔山。
[^20]: 由于制度组织演变的路径依赖性，开始时，每一个起点上的微小变化，均可能严重的影响到日后形成的结果。这可以用混沌理论中的 蝴蝶效应 解释。
一开始，实验并没有被看成科学游戏中获取自然知识及平息知识争议的方法。这一方法的使用是因为托马斯·霍布斯（Hobbes）与罗伯特•玻意尔（Boyle）的争论而起，并成为一种制度，这最终成为现代自然科学的重要支柱。
霍布斯以其政治哲学为后人所熟知，^1 但在王朝复辟时期的英格兰，他的哲学理论出名些，同时他也具备非常丰富的科学知识。霍布斯的学说中最迷人也最突出的一点是：^2
霍布斯试图把他的政治哲学立基于近代自然科学的基础上，这样的诱惑，确实难以抵御，在一定程度上，传统的道德哲学和政治哲学的基础是传统的形而上学，而当传统的形而上学被现代自然科学所取代时，就似乎有必要把新的道德哲学和政治哲学放到新的科学的基础上。^3
霍布斯的理论不再倚赖于亚里士多德的哲学和传统神学，而倚赖于几何学，他以推理的严密及整体性显示了逻辑理性的完美及力量。在一个国家秩序崩溃、知识信仰混乱，甚至连信仰都要依靠理性力量来支撑的时代，霍布斯的理论具有一种迷人的吸引力和意味着新的绝对权威秩序学说。
自然界是否存在真空，是霍布斯和玻意尔的争论所在。[^4]在玻意尔之前的时代，实验方法和炼金术没有太大差别，并没有被看成一种可以当成知识基准的方法。^5当玻意尔用空气泵的实验来揭示气体动力学中气体的体积与压强的反比关系时，^6他的方法论是，必须把知识的合法性建立事实本身，科学的目的便是寻找这一事实，而典型的有代表性的实验则有利于揭示这一事实。但在霍布斯看来，确定的科学知识要以理性演绎为基础，科学寻求的不是事实，而是逻辑一致的因果解释。只有当人们可以理性地演绎出必然而合理的解释时，知识才能确定。玻意尔和霍布斯的争论，预示了经验主义和建构主义这两种不同的方法论，从科学开始以来到近代一直延续不休的争议。[^7]后世教科书，往往强调玻意尔的胜利以及霍布斯的失败，并用这种失败作为例子来歌颂某种必然性。但在17世纪，实验作为生产 科学事实 的手段，并不是理所当然和天然合法，而是争议的真正焦点。
当自然现象与形而上学体系冲突时，遵循何种方法论，对于当时参与这一争议的人来说是一个立场问题，而参与者如何为实验结果辩护则是一个技巧问题。^8由此，玻意尔采用了一种非常冗长，有着大量细节描写的文本纪录风格，使读者阅读文本后，可以想像重现整个实验过程，从而对实验及结果，产生确信的印象。[^9]除此之外，玻意尔动用了一系列非“科学”的手段，包括政治、宗教、宣传、组织、人脉等从各方面攻击令他困扰不已的霍布斯。其中最重要的便是集体见证的方式-----由见证人的证词保证 **事实确实产生**。这些见证人的证词可靠性，不是依赖于这些人的专业知识，而是倚赖于他们的身份。由此，玻意尔借助皇家学会的集体见证，来对抗霍布斯。^10这种集体见证制度的结果[^11]是玻意尔久享“科学家”的盛誉，他发现的定律被冠以他的姓氏而载入以后的中学教科书并家喻户晓。[^12]后世事实上是在以成败论英雄，所谓 实验验证事实 只不过是胜利者的事后宣称，而非真正解决胜败的原因，因为所谓解决科学争议的 **客观判准**，事实上只不过是由胜利一方在事后才被界定出来。^13
依赖群体的力量，玻意尔战胜了霍布斯。这一场争论使集体见证成为日后一种仲裁争议的方式，皇家学会也发展成为一种自发的独立仲裁机构，其权威得到迅速发展。学会自身构成一个封闭式群体，由于所包括会员的身份地位，使学会的信条表现出一种介乎极端个人主义和政府权威之间的中间道路——既保持群体的一致同意意见，而又不向极端的无政府主义或者极权权威屈服。实验精神也被确认成为一种得到确切可靠的事实的合法手段。这成为日后自然科学发展的基调。^14
随着科学的发展，早期科学和后期科学之间，慢慢出现一种社会基础的变换：从绅士转换到专业鉴赏家，再进一步转换到科学家的权威。^15在整体组织层面上，知识权威的地位，乃是依靠同行评议而得到，而这又有赖于评议及发表制度的体系化。^16作为杂志的创办者和赞助者，皇家学会同时承担了一种对其知识进行保证的角色。通过这种组织形式，以皇家学会作为权威，以科学家同时作为学会成员、撰稿人和读者这三者的角色，使这种组织制度互相强化起来，其结果便是其他的团体或科学家，在无法加入皇家学会时，也以在其杂志上发表文章而获得权威性。进一步的，为了确认收到论文的质量，评议人制度由此而起。通过在科学杂志上发表文章，科学家获得知识权威并进一步形成分配各种资源的依据。这种制度，一致沿袭至今天。这便是科学游戏的社会制度演化过程。
[^4]: 斯蒂文•夏平与西蒙•谢佛在《利维坦和空气泵》中详细阐述了他们两人之间的争论。Steven Shapin Simon Schaffer. Leviathan and the Air Pump[^M]:. NJ: Princeton及《真理的社会史：17世纪英国的文明与科学》，（英）史蒂文·夏平，赵万里等译，江西教育出版社2002年10月第1版。
[^7]: 经济学中，张五常注重 **经济解释**，而关于 吉芬物品 和 需求定律 的问题，也引起很多争议。是否存在不符合需求定律的物品，按照张五常的看法，如果实际观察到的生活情形，与经济学理论相冲突，那么，必然意味着需要寻找必要的约束条件。以此来完成生活事实和经济学规律之间的自洽。这一看法只不过是在试图调和经验主义和建构主义。这可以看成自然科学在300年前两种聚讼不已的方法论，在社会科学的延续。
[^9]: 实验事实 的书写，变成一种类似历史文本的书写。
[^11]: 玻意尔是17世纪英格兰最有影响的 基督徒绅士之一 ，而霍布斯则不是皇家学会会员。
[^12]: 教科书对这一定律的描述，给人以无可辩驳的确切性和简单印象，但事实上，在玻意尔发明了这一仪器之后的10年中，寻找一个非常密实的真空泵非常困难，而这一实验的可重复性非常之差，所以，玻意尔才需要为这一实验，寻求更确切可靠的辩护，参阅詹姆斯·E. 麦克莱伦第三、 哈罗德·多恩的《世界史上的科学和技术》。
发生在意大利的文艺复兴与发生在德意志的宗教改革，有着共同的背景和充分重叠的广泛主题。在富裕的意大利，对教会的不满，变成在人文艺术方面的创作^1；而在贫穷的德意志，则演变成为上街流血的斗争。^2
宗教改革的副作用之一是改变了人们关于 自然 的观念。自然神学[^3] 这个名词在古罗马便已提出。《圣经》中说，世界乃是神所创生，由此得到自然乃是神的真正造物。奥古斯丁采用 自然之书 这种比喻，说上帝写了两本书，以让人们理解他的意图，一是被文字纪录下来的《圣经》，一是无字天书——自然。阿圭那之后，吸收了亚里士多德哲学的主流思想中，人工世界和自然世界被严格区分，自然受造于上帝而被赋予神性，教义并不鼓励人们去探索自然的奥秘。但新教改革之后，《圣经》被翻译成为各国语言，信仰和赎罪成为个人之事，教义的纷争，不像过去那样仰仗一个权威组织解释，而需要自行探求。甚至很多人有鉴于千百年来《圣经》被教士所把持，便主张必须澄清并剔除教士所加入的各种解释和看法，以获得上帝造物的真正意图。文本的纷争，不再依赖于终极文本，而有必要借助 自然之书 这个外在之物。这样看起来，探索自然便是必要而且符合宗教价值的。同时，宗教改革也放松了对个人知识追求的限制，在此之前，基督教垄断了知识体系和话语权，亚里士多德和托勒密的自然体系，在被基督教思想吸收之后，便和基督教信仰捆绑在一起。任何一种对这些知识体系的反驳，都同时意味着一种对于基督教信仰的攻击。当新教改革鼓励民众自己去追寻《圣经》的真正意图时，这一种限制也同时被放松了，这隐含地鼓励人们对自然进行探索。人们可以把自然作为上帝的创造物，按照其本身来研究，而不再局限于形而上学教条。对于自然知识的追求，长远上促进了经验主义^4 的发展。在17到19世纪，则将科学和宗教价值紧密的联系在一起^5，自然神学和设计论的出现，使科学被伪装成为一种可以被用来支持和扩展宗教目标，追寻信仰真义的工具。^6
但17世纪确实发生了一些变化，促进了科学的兴起。这一时期出现了许多对后世影响深远的发现和理论，比如伽利略、牛顿、哥白尼等在天文学、物理学方面的成就。以至后来科学史常将科学的兴起，追溯到这些先驱身上，甚至将他们在这个时期的行为，在整体上称为 科学革命。但如同史蒂文·夏平 Steven Shapin[^7] 指出的，非但不存在一种所谓的 科学革命，甚至连后世所以为的 科学 概念所指的实体，在这一时期是否存在都有待探讨。在17世纪，科学 Science 倾向于指任何正确构成的知识^8，而对自然事物及其因果结构的探究，则属于 自然志 和 自然哲学 的范围。17世纪之前，在欧洲，构成普遍的、必然正确知识体系的，只有基督教是真理，除此之外都是异端。而这时的科学运动和对于自然的研究，并不是一个整体的运动，而是由一些基于个人好奇心形成的高度支离破碎的零散行动，并没有对广大公众产生任何关键性的影响[^9]。科学对于绝大多数民众的实质影响，必须等到工业革命之后许久才真正显现出来，而将科学看成一种可以取代宗教的信仰，则是20世纪的事。^10
17世纪对于科学的兴起，关键之处不在于一场科学革命是否真的发生过，而在于，正是在这个世纪，科学 确确实实成为一种制度化的有形组织和系统，从而使业余科学家完成了向专业科学家的过渡。依赖这些有形组织的规则和制度，科学体系才能进一步自发发展，并演变出后人见到的科学。
这些组织的出现，受益于培根的思想。按照基督教的传统制度体系，知识权威附属于信仰权威的一部分，教会掌管对个人的信仰和知识体系监察的权力，个人对于真理的自行理解常被认为是危险的^11。在新教改革放松了教会对于信仰和知识的统一管制之后，其知识权威的地位相应受到削弱。大学作为一种抱残守缺的机构，所传授的文科、艺术等智力思辨的知识，明显缺乏与时俱进^12 的解释力，以应付大航海所带来的大量新鲜事物和问题。这导致长期以来所确立的权威知识以及知识的传授制度模式，受到质疑并消解。这种知识上缺乏统一权威的无序状态，不但会出现在平民百姓中，也出现在新兴的绅士和商人阶级中。培根的知识纲领，便是因应于这种知识体系无序的担忧而产生。他认为，国家必须代替教会，担负起领导民众追求知识的责任。在《大西洋岛》（1627）中，他设想了一个中央科学研究所，其中有实验室、植物园、厨房、熔炉，机械工厂等部分，通过这种设计及分工，培根宣称，科学知识可以更有效的生产出来[^13]。培根的广泛影响，使得宫廷、民众能够接受科学团体的存在。
但从实际的结果看，科学组织的兴起及其内部章程的演变，并非完全遵循培根国家引导的设计理论。同样，他所鼓吹的集中起来追求科学知识的运动并没有出现，仅出现一些独立分散的团体，由于出资人和目的不同，也相应形成不同的组织制度^14。其中英国皇家学会对后世影响最为深远[^15]。尽管学会并没有得到皇家其他实质性赞助，但由于皇家的正式承认和特权许可，使学会的研究得到名分上的承认和保护^16。按照现在的科学标准看起来，开始时的皇家学会，并不是一个标准的科学团体^17。成员里有各种各样的业余爱好者，比如身份显赫的赞助者，为科学的新发现添油加醋的报道者，艺术品鉴赏者，猎奇者，厌恶刻板沉闷学院学习的逃避者……这些人聚集起来，使学会看起来更像一个俱乐部和休闲的论坛^18，古典希腊自由组合的学园精神也得到重现。核心小组成员的身份主要是神职人员或与宗教密切相关人士，同时，也有很多绅士和商人。^19
学会明确宣布鼓励有创造性和有知识的商人、哲学家和医生，组织编著商业史，讨论革新工艺过程的方式，收集国内各个地区的农业实践资料。学会的早期成员，对重新发现的一切新奇的自然现象普遍感到好奇，这使他们把研究的网撒得太广，以致失去了长期集中研究某一问题的优势。尽管他们努力把科学兴趣的目标，引向工艺生产，并试图使科学研究产生出可能的现实成果。但事实是，与他们试图在一两个世纪内，用知识重新改变整个物质世界的野心相不陪衬的是，在此后的两个世纪，技术实际上并没有从科学中得到很多收益，反而科学从技术的进步中受惠颇多^20。皇家学会的努力，主要是激起了公众的热情和促进了共同体的发展，而不是技术以及实际产品的产生。即在没有国家严格的指令规训下，科学 发展成为一种制度化的有形组织和系统，业余科学家完成了向专业科学家过渡，并演化出了令日后知识高速增长的制度。
[^3]: 瓦罗 M.Terentius Varro 提出诗歌神学、公民神学和自然神学的区分。
[^7]: Shapin, Steven. The Scientific Revolution. Chicago:University of Chicago Press.1998.
[^9]: 如果真有一场科学革命，那么，关键之处在于，这一时期，原先必然正确的基督教真理，是否经由对自然的探讨以及实验精神而被转化成为一种对科学的新信仰。事实上，这一时期的信仰转变，就算真的存在的话，并不如 革命 这一词语所宣扬的如此彻底。牛顿除了是个炼金术士，还是个虔信的教徒，而伽利略、哥白尼与教会的冲突，也远没有达到要抛弃传统基督教，改信科学的程度。真实的情形是笛卡儿、玻意耳的思想，并不是17世纪意大利人、法国人、英国人的普遍想法，甚至17世纪压倒性的多数人并不生活在欧洲，更不知道他们乃是生活在后人眼中的“17世纪”，更没有意识或感受到，有一场所谓的 科学革命 正在发生。所谓发生在17世纪的 科学革命，实质上，只不过是后人眼中的 科学革命 而已。
[^13]: 培根富有洞察力的意识到分工对于知识生产的作用，这比亚当·斯密关于分工对于物质生产的作用还早。但培根所理解的分工，乃是在国家监控及管制之下的，更类似一种计划经济的分工。当培根宣称 知识就是权力 时，他实际上并不是在为知识的可能生产力而欢呼雀跃，而是在担心不受国家监控的知识，会导致一种国家权威的丧失，从而提出国家行政权力必须对知识实施有效的控制。这使培根的《大西洋岛》整体上体现出一种设计的痕迹，与柏拉图的《理想国》一脉相承。
[^15]: 学会秘书长托马斯·斯普拉特 Tomas Sprat 的《皇家学会史》记载了学会诞生的故事。《皇家学会史》（The History of the Royal Society），杰克逊·科普和哈纳德·琼斯主编。圣路易斯：华盛顿大学出版社，1958[1667]。从1645年开始，一些人士基于兴趣，开始每周在伦敦聚集，聚集的议题，避开神学和政治，讨论一些通过实验能够判断和解决的问题。随着成员的迁徙，社团一分为二，一在牛津，一在伦敦。在牛津的团体在一度兴旺之后，最终消散；而在伦敦的团体，在复辟之后，重新聚集。1660年，英国皇家学会的前身 伦敦皇家自然知识促进学会 成立，两年后，得到国王的特许状之后，学会成立。竖年，学会特权又蒙获扩大。
13到17世纪，欧洲社会发生了一系列影响深远的变化。社会表现为三种力量的变化和平衡：宗教、王国、平民。教会内部发生新教改革，外部咄咄逼人地和王权争斗。教会和王权的均势使平民力量和城市共和国兴起，但不久之后又陷入分裂。外部整体环境是，欧洲各国进行航海竞争，新世界的发现和殖民使疆域高度拓展。太阳底下突然出现了大量新的事物，[^1] 传统知识的不足带来对新知识的迫切需求，印刷术发展带来知识普及，社会储存了大量财富，物质的丰富足以资助进一步科学研究。眼界和物质的拓展带来对知识极限的拓展，这一切，成为科学兴起的契机。
科学并不是在大学中兴起。13世纪的大学，是一种类似教育联合会的行会。大学的主要任务是培养牧师、律师、医生、行政官员，为教会、市场、国家输送人才。学生们自行组织起来聘请老师，或者老师们通过行会收费招生。但此时的大学不同于后世，仅仅是一种职业培训学校，为学生们日后的职业生涯做准备。这时的大学并不是指某处建筑或某个章程。大学没有地产，而是由一群随时可以移动的人所构成。由于各处教会、国王的支持，大学的教育者获得了大量的便利从而发展迅速。与希腊各学派所创建的学园不同的是，13世纪欧洲的大学无论教科书、问题、课程都非常相似^2。大学更像一种技术学校的预科班而不是一个求真爱智的机构。但大学提供了一个让大量兴趣相近者聚集起来的机会，以聚敛收集到的古代资源，同时也合作起来把阿拉伯语的希腊和拉丁传统文献重新翻译并输入欧洲。在13世纪前的工作主要是收集文献，13世纪时是如何重新整合文献。从13到17世纪间，则是这些文献和教会、神学的重新融合。^3
新教改革动摇了传统神学的知识基础，并促使每一个人都去思考以寻求更加可靠的知识。教会内部有许多争议，一是传统神学理论和现有教会组织的冲突，另一个是教廷和教会的冲突^4，一直以来基督教内部的争议从不间断，但争议一直局限于教会内部，这主要得益于对以拉丁文形式保存的《圣经》的解释权仍然牢牢掌握在教士手中。对于文本化上帝的解释权是教会权力的真正理论来源。但是，新教改革和印刷术的普及，釜底抽薪的剥夺了这种权力。新教主张 因信称义，脱离文本而回到信仰。将《圣经》从拉丁文翻译成为德语以及其他各国的语言，让各国的民众得以直接以他们本族的语言去解读《圣经》，是彻底削弱拥有《圣经》解释权的知识精英的致命办法。而印刷术的普及，则使民众以更低的成本，阅读到已经翻译为自己母语《圣经》^5。这使民众意识到现有教会的组织形态及其原则，与基督原始理想之差距。路德和加尔文教义的改革结果，便是信仰的个人化。救赎的任务不再由教会或者教士来负担，而是由个人来负担，而教会对于民众在信仰上控制力则急剧下降。简单的说，新教改革的直接结果是天主教在精神和政治上的统一被瓦解。为了应付新教在精神上带来的挑战，以及由此带来的世俗的高度骚乱，天主教被迫退让出本来所掌握的世俗权力，而将这部分权力历史性地让渡给世俗的民族国家和文官政府。这些民族国家，以罗马法和亚里士多德的政治学说为基础，获得世俗权力的理论依据，形成君主王国对抗教会的局面，进而逐步摆脱教会的约束，依赖专制主义和军事荣誉为意识形态，演变出现代基于个体意志而构成的各种联合体。这完全是新教改革所没有意想到的结果。
新教精神同时还带来了一种社会性的功利主义基准^6。根据这一基准，学问作为一种职业受到推崇。但所推崇的是对经验材料的理性整理，而不是经院哲学的逻辑思维^7，这间接促使科学的兴起。更为深远的影响是^8，现代国家体现了一种世俗化的价值伦理准则，为了共同的生活，而主张共同的意志和荣誉，却放弃了一个超验的普世价值的追求和精神世界的共同体。对于民众来说，因信称义 将救赎的重任从过去的教会手中转移到每一个人肩上，面临分裂的教会、教派和教义，民众被逼要在这些纷争中，寻找出值得确信，可以安身立命的价值和信仰，这为自然常识的兴起提供了一个空间和需求，这为科学取代基督教，成为另外一种信仰提供了可能。
[^1]: 语见《旧约》中《传道书》：
一代过去，一代又来。地却永远长存。 日头出来，日头落下，急归所出之地。 风往南刮，又向北转，不住的旋转，而且返回转行原道。 江河都往海里流，海却不满。江河从何处流，仍归何处。 万事令人厌烦。人不能说尽。眼看，看不饱，耳听，听不足。已有的事，后必再有。已行的事，后必再行。日光之下并无新事。《传道书》相传为世间最有智慧的所罗门王晚年所写。
科学 和 技术 常被简单的理解为抽象知识和技艺应用的分别^1，在17世纪以前，科学和技术均被隐含的认为属于手艺（art）的一部分[^2]。在16、17、18这三个世纪中，欧洲的经济生活发生了巨大变化，科学、技术随之从手艺中脱胎而出，独立发展。科学、技术这两个词语在这三个世纪成型，显示了这种变化。
以照近代人眼中的科学和技术为标准来衡量，从人类有史开始到公元16世纪以前数千年间，科学一直属于少数有闲阶级的智力游戏，由分散独立的个体研究、学习、传承，整体社会层面上，没有相应的物质及制度基础来支持知识的集体积累并分工创造；技术则开始于数百万年前的能人阶段，以手艺的形式，通过代代相传的模仿和积累而渐渐精练^3。在旧石器时代到新石器时代间^4，技术对人类社会的第一波冲击，引发了食物采集和狩猎之间的分工，进而形成定居文明和游牧文明这两种不同的社会组织制度。人类中的大部分人定居下来，在相对固定的地点生活并时代繁衍。到了新石器时代，技术对人类社会的第二波冲击是灌溉技术的提高和大规模水利工程的修建，城市由之出现，并带来大量物质剩余及财富积累，进而，人类文明的诸种社会制度的雏形诞生^5，并日趋复杂，这是人类文明的真正开始。新旧大陆上不同地理圈的文明，形成各自独特的文化，有些随时间烟消云散，有些^6 仍保留着其先祖的努力遗迹和记忆，科学则在欧洲兴起。
尽管希腊时代便已出现求真爱智的沉思精神和自由聚会的学园制度而一直为后人称颂不已，但当希腊为罗马征服，基督教成为国教后不久，蛮族入侵，帝国分裂。从此之后到9世纪之间的欧洲，政治上各个王国和庄园各自为政；经济以封建式庄园经济为主，城市解体为庄园，交换萎缩、市场崩溃；精神上全然赖基督教，教会组织成为分裂国土上的黏合剂。在中世纪漫长的岁月里，欧洲并没有一个行使全民意志的统一国家，而依靠教廷为核心的组织，维系了一个整体的基督教世界。
城市解体的直接结果，是学校的消失和教育的退化^7。希腊哲学及思想，除了柏拉图和亚里士多德一脉部分残存在基督神学之中外，另外一些被保存在阿拉伯人手中，而在欧洲消失。基督教会成为教育的主要资助者。经过历次公会修订并确认的《圣经》，在教会内部是权威的文本，对外却成为启蒙教育民众的工具。教会和王国并存了相当长的时间，基督教修道院式的教育，充当了平民教育和微弱古典传统的传播者角色[^8]。
9世纪后，欧洲的市场交换重新活跃。随后几个世纪，工具和技术出现一系列改良，比如马镫、重犁、用马代替牛作为耕种牲畜，三田轮作制等被采用，大炮、帆船、滑镗枪被制作和使用并不断改良^9。在这个过程中，欧洲的知识传统无任何知识能支持这一系列的技术改良。社会层面上，王国和教会控制了主要的社会和政治资源。王权和神权相互抗衡又相互支持。王国是 源于圣经的政治 ^10，修道院不是避难所而是枢密院^11。13世纪，是科学发展的一个分水岭。这表现在以下几个方面：
在与德意志神圣罗马帝国（Heiliges Römisches Reich deutscher Nation）长期争夺之后，教权取得了对王权的胜利。从此之后，教权更加密切的参与进社会的实际生活，所面对的直接竞争对手，不再是一个单一的王权，而是分散的不同的民族国家。同时，罗马天主教不单是一种精神信仰，更是在经济上拥有大量教产，政治上有大量可动员群众的强大实体。以基督为核心的精神信仰，落实到操作层面上，成为垄断了信仰这一权利的教会对于世俗信徒的权力。教会设定自己的法典，教皇权力高于世俗统治者的权力，国家无权审判神职人员，所有想得到拯救的人必须服从教皇，世俗统治者要接受教皇的审判，而教皇只接受上帝的审判。在经济层面上，教会诸权力之中，最重要的一条是，教产免于国家税收的权力。这在欧洲诸王国陆续兴起之后，引发了教会和王权之间的多次冲突。^12
教会和教义分别演化，为此后教会分裂埋下隐患。一个典型例子是税收问题。在基督教正统教义中，税收和信仰是两回事。当耶稣面对税收和信仰这个陷阱时，他聪明的回答了
让神之物归神，恺撒之物归恺撒。但他可能从来没有想到日后教会居然发展成为代替官方收取税收的组织，而他的答案却变成阻碍^13。在教会和世俗权力抗衡的日子里，教会直接宣称：一切权柄属于上帝，恺撒也是上帝的佣人。耶稣基督不属世界，世界却属于耶稣基督。
地和其中所充满的，世界和住在其间的，都属耶和华。教会对于世俗事务的插手，在组织内部，面临正统教义拥护者的反对。[^14]
希腊哲学思想，特别是亚里士多德思想重新引入对基督教教义的冲击。从基督教被官方接纳以来到中世纪，基督教一直致力于清除希腊哲学的影响。希腊的哲学传统除了柏拉图的部分思想被借用保留外，其他部分已经不再存在欧洲，而在9世纪阿拉伯崛起时，被大量不加选择地翻译为阿拉伯语，但却得不到详细的解读和辨识。到11、12世纪，失传了的希腊文献陆续从阿拉伯回流欧洲，欧洲才反过来陆续了解过往的希腊哲学。[^15] 至晚到1200年，亚里士多德的哲学从阿拉伯被翻译回欧洲。在1200年-1255年，几十年间，经历了教会所颁布的几次禁令之后，亚里士多德的哲学终于在学院的课程中被确定了下来。教会的态度从开始的剧烈反对，到后来的慢慢接受、吸收。并用更长的时间，试图用现有的奥古斯丁和柏拉图思想，来重新吸收亚里士多德学说的冲击。于是，希腊哲学和基督教思想这两种一千多年前没有来得及完全彻底整合的理论，于后世重新交错。^16
亚里士多德的学说，除了一部分由罗马法学者的诠释，演化成为城市共和国辩护的政治理论之外，对神学的影响，主要是由托马斯·阿圭那在《神学大全》中的发挥，将奥古斯丁教义转化成为经院哲学。但阿圭那在将亚里士多德基督教化的同时，也将本来的基督教教义亚里士多德化了。^17 如果亚里士多德的理论，仅仅停留于纯粹的抽象智力方面的建构，那么将其与基督教的信仰糅合起来，并不会引起更大的问题。但是，亚里士多德的哲学并不止是简单的语体^18，还包括了一系列关于世界的描述，这些描述尽管不是实验性的，却明显不同于基督教信仰对于世界的理解。这激发了基督教学者持续的兴趣，甚至这种关注和研究，当亚里士多德学说和基督神学在哲学上被调和之后仍然继续。^19
这三者的结果是，在此后的三个世纪，王权和教会的冲突使平民和贵族力量兴起。教会和教义的冲突导致路德改宗。对自然界的持续研究引发了实验精神。
[^2]: Nature 与 art 相对的，nature 指自然天生部分，art 指人类技能产物。威廉姆斯指出，在词源学上，
技术 technology 从17世纪起，指的是对技艺做有系统研究的描述。最接近的词根是希腊文 tekhnologia，指有系统的处理。而
科学 science 这个词则从14世纪成为英文，最接近的词源是法文 science，拉丁文 scientia ——知识 knowledge。直到18世纪前，大部分的 science，都被称为 art。见威廉姆斯《关键词》。
[^8]: 很难说，如果没有基督教所起的延续作用，欧洲文明，会不会和其他那些早已灰飞烟灭的文明一样，成为后世发掘和考古的对象。不同的是，文艺复兴（Renaissance, 1450—1600）后，人文主义者不遗余力地攻击中世纪教会，培根、伏尔泰、孔多塞以及后来的布克哈特，都竭力割裂科学和宗教的关系，将科学的传统直接追溯到古希腊，再跃过中世纪这一片空白，通过文艺复兴演化出近代科学。期间从公元410年，到15世纪文艺复兴之前的中世纪，被认为是 黑暗时代 ，于科学毫无补益。 黑暗时代 这个词语，源于基督教，奥古斯丁目睹罗马城的陷落，在《上帝之城》中划分出上帝之城和世俗之城，认为末日即将来临，身处即将走向上帝之城的黑暗时代。文艺复兴之后，人文主义者获得话语权，借用了这一词语，以重新书写历史，这一标签，在为其合法性辩护的同时，也显示一种掘墓鞭尸式的胜利。而刚从教会分裂出来的新教路德宗，视传统宗教为敌人，也沿用这一词语，以指称过往那些由天主教统治的历史。此后，在17和18世纪，启蒙运动，以教会为敌人，也将中世纪的日子，视为黑暗。19、20世纪，科学主义发展成为一种意识形态，以传统宗教思想为敌人，因为宗教裁判所的关系，中世纪也与黑暗联系在一起。于是，在人文主义者、启蒙运动者、科学主义者、新教徒眼中，无论出于何种理由，中世纪是黑暗的。但一切现在的思想，和以往的世代，均有着千丝万缕的联系，不正视过往的历史，便无法完成对于现在的反思。 黑暗的中世纪 和 万恶的旧社会 这种词语一样，遮蔽了其间那些人们生命的真实存在以及他们对于人生悲欢离合的感受。
[^14]: 正统教义以为，上帝的存在，不可触摸，不可试探，不可求证，从而信仰变成依赖于对各种文本的诠释。基本的经典，除了《旧约》、《新约》、福音书之外，也包括后来的一系列释经文本，构成一个庞大的文本体系，虽然经过奥古斯丁等人的重新整理及解释，但逻辑的自洽性，仍甚可疑，操作起来，反不如 你办事，我放心 这种大白话更为方便。但这些经典，延续千载，浸润于每一个信徒心中，成为凝结组织的重要力量，日后路德将教会看成信徒的团体，而不赞同教廷担当地主、收税人的角色，不信任教廷对于教会的专制权力。其反对教廷组织的依据，也正是来源于神学理论。
[^15]: 情况类似于陈寅恪所说的 群趋东邻受国史 。
神学[^1] 在耶稣之前已存在，阐释者基于逻各斯这一途径，获得对神之意旨的解释权。但基督神学，必须等到公元90年，使徒约翰——见证耶稣的最后使徒——去世之后，才得以可能。基督传播其思想的办法是 不述不作，而采用口语演讲并身体力行以表达其理念，福音的感染力，倚赖于言辞的煽动力以及演说者的个人魅力。但基督蒙难以后，福音不再可能被听到，而只能倚赖于使徒的传述和纪录，于是，被书写下来的文本便代替了口头语言，作为传播福音的工具。这便是记载耶稣言行的《福音书》。[^2] 同时，对于耶稣教义理解上的困难，当耶稣的十二使徒还活着时，作为耶稣事迹的见证人和聆听者，他们可以担起解释耶稣教义的职责，而无神学之必要。而且这时所积累起来的文献，根本不足以在《旧约》之外，确立新的经典，《新约》的概念也尚未萌芽。一切均要等到耶稣最年轻的使徒约翰去世之后，基督神学才得以可能，而耶稣所口述的，才真正变成文本上的教义，这是基督神学的开始。
任何一种基督神学，其目的及使命都是
为一个希望辩护。^3
基督教一开始是以犹太教的异端的面目出现的，^4 在基督教教义草创初期，必须辩护的是这种异端存在的合法性，甚至必须重新提出一种能够被接受的希望以代替原来的犹太教义。^5 在小规模团体的使徒时代，演说术、煽动力、政治斗争的能力比智性和逻辑更为重要，^6 但当组织规模不断扩张时，随着教会的扩展和教义的传播，面临的各种可能诘难越来越多而需要在义理上进行各种辩护，希腊-罗马的知识传统，迫使教义迅速的哲学化，以使逻辑和故事严密。基督教教义从一开始便在传统犹太教教义和希腊哲学的夹缝中生存，然后在和各种异端的争辩中，确立自己的传统，其中首要且必须进行辩护和解释的，便是确立耶稣的身份和地位，树立教义的希望。而先前斐洛的努力明显是一个现成的样板和可供再生的资源。
关于耶稣是 处女生子 的传说，最起码要到公元1世纪的八九十年代才出现。从文化渊源上说，这种故事，散见于各种文化传统，[^7] 通过巧妙的移植希腊神话，借以神化耶稣不太光彩的身世。其手法只不过简单的将希伯来文《圣经》中的“女童”，在翻译成为希腊文之后，解释成为“处女”而已。这实际是一种寓意解经法的变形，甚至这种手法很可能并非基督教教父们所发明，而只是从斐洛那里借用过来。看起来，这是基于当时的文化传统下一种极好的运作策略。[^8] 接着，斐洛的学说被改头换面，除了保留抽象的脱离尘世的神和作为神溢出的光的逻各斯之外，摩西被替换成耶稣，成为人世历史的起点事件。[^9] 通过这种替换，耶稣成为新的教义起点，而他受难、复活的故事及寓意解释则成为教义新的希望。一切的基督神学，便由此生发出来，为这种希望构成的信仰辩护。而本来是犹太教的异端的基督教，也不再局限于犹太民族而走向一个普世的教义。
基督教教义的成型稳定和基督教会是共同演化的。这两种力量一起成为支持基督教发展的力量。教会和神学这两者可能相互加强，也可能出现矛盾^10。在早期，这两种力量是相互加强的。信仰本质上是一种私人事务。但教会却是一种集体行动的组织，有其形式和纪律。同时，教会不但是一个组织，而且是一个 **神圣的组织**。教会对于信仰的约束，将一个私人信仰，捆绑在一个集体活动中，并通过仪式的模式化^11，建立起了相对稳定、延续的确定性^12。当教会组织建立起以地区为单位的主教管区和等级森严的组织之后，由于理解差异带来的信仰歧异，被教会这一组织转化为行动上的统一。从而纯属于思想领域的教义冲突，便通过教会的组织行为被外化、放大，并被进一步过滤而达到统一。
皇帝的迫害，使各处的教会组织更加严密，但彼此之间却得不到充分的思想交流，这促成教义进一步分歧。教区在地理上的分布是分散而且独立的，一旦本教区主教的权力合法性受到质疑时，该如何解决？甚至教区与教区之间的主教如果发生冲突时，比如假设某一教区主教信仰异端时，如何解决？就算皇帝忙于应付奴隶的造反而默许基督教发展，但却也没有兴趣去解决这个问题，只要教会之间的冲突没有达到危害公共安全的程度，正面的政权一般不愿意出手介入此类争端[^13]，这意味着争端的解决，不能倚赖于合法政权的法律或者其他制度来调停，而只能私下解决^14。不同教区之间的主教，由于没有足够的武力来解决各自的权力的合法性问题，便只能依赖于教义对于信徒、民众的说服力。
但在约翰死后，教义已经逐渐被文本化。教义不再是面对文盲的演说，而是被转换为首先有选择的面对那些能够解读文本的教父，然后再通过他们向不识字的信徒进行布道。不能忽略这么一个事实：宗教信仰系统的一切内容及精神信仰，全部指向一个由书写和文本系统构成的传统：信仰或许是简单的，但教义却是复杂的，文本之间可能是互相矛盾，这种互相矛盾的程度可能导致信仰混乱。同时，对文本的不同解释，除了意味着一种话语权的争夺之外，对于以信仰为基础的宗教系统来说，由于话语权和有形组织之间的相互强化，这种在话语权之上的争夺，很容易便指向权力斗争。这即是正统和异端[^15] 之争。基督教历代出现过很多教义，它们先是被自我宣称为正面信仰，后来被教会批判并宣布为异端。又有许多先是被宣布为异端，到后世又被确认为正面信仰的例子。^16 这说明这些思想、教义是正统还是异端，随着时代而不同。遗留下来的被世人所接受的正统教义则不过是历次教会多次决议所留下而已。[^17]
广义上说，只要试图以一种逻辑一致的方式讨论耶稣及神学问题，无论是否被后世基督教视为异端，均可被视为事实上的神学家^18。早期诸种教派及异端包括：诺斯替主义 Gnosticism[^19]、孟他努 Montanus 与孟他努主义，以及演说家塞尔修斯 Celsus 等^20。因应于他们的挑战，基督教教义快速的哲学化。
孟他努及其追随者则反对基督教义的文本化而自命为先知。孟他努自命为 **圣灵的喉舌**，反对使徒们拥有对基督教义的阐释权。[^21] 在一个以宗教信仰为根基的组织结构中，如果没有一个权威性的经典文本为基础，而是采用任何人都可以附身显圣的办法的话，那么，这种随意性将严重伤害组织的权力合法性地位和稳定性。因应于孟他努主义，教会编造出了《十二使徒遗训》，揭示这些自命先知者试图骗财的本质，但这对于神学的发展事实上毫无贡献，而只是权力斗争的证据而已。^22
真正促进基督神学发展，源自皇帝的宠信塞尔修斯的挑战。当皇帝和平民都相信基督教的圣餐是烘烤婴儿吃时[^23]，塞尔修斯写了《正统教义：致众信徒》一书，重点攻击基督神学上的逻辑，而不是攻击基督教徒的行为。塞尔修斯的攻击相当简单：
基督教自称一神教，但他们却崇拜一个最近才出现的人，神不可能降临大地，否则，他的本性便会被改变。这是第一个真正挑战基督神学的教外知识分子。[^24] 此时，基督教仍是受迫害的小宗教，对塞尔修斯关于基督身份质疑的回答，只能合理答辩以让皇帝满意。这促使教会和信徒更进一步去为神和人之间的关系寻找一个逻辑一致的答案。早期的教父们沿袭斐洛的思路以解释这一问题，^25 对于塞尔修斯诘难的反应，产生了查士丁的三位一体论。[^26]
对诺斯替主义的反驳，产生了爱任纽^27 的救赎论。^28 爱任纽的老师波利卡普是使徒约翰的学生，所以爱任纽自命为正统权威。他批驳诺斯替主义的方式直接而且简单---凡是诺斯替主义通过文本解读出来的 **隐秘书写**，只要和爱任纽的理解不同，必然是假理论，因为如果这种教导确实存在，那么他的老师波利卡普必然会从约翰处知道，并再告诉他。[^29] 诺斯替主义倾向于精英式的个人修炼。强调 灵 的存在而否认肉身，对应的，爱任纽提出救赎理论以强调道成肉身的重要性。永恒的逻各斯经历了人类的劫难，从而具备赎罪作用。这即是救赎的道成肉身论。
公元3世纪以后，诺斯替主义及孟他努主义式微，教会的力量逐步增强，也受到皇帝更多嫉恨。单纯向爱好哲学的皇帝献媚已经不是一种有效减轻敌视的手段，向教徒们提供一个逻辑一致的清晰的思想，以形成组织的凝聚力成为一个更重要的问题。这进一步牵涉到希腊哲学在基督神学中的位置问题。由此又引发两种不同思路：一是主张宽容并蓄，吸收希腊哲学，如克莱门特 Clement of Alexandria 和奥利金 Origen^30；一是主张完全将哲学排除在外，如德尔图良 Tertullian^31。克莱门特认为
所有真理都是神的真理，无论它在哪里被发现。
哲学是神为了让希腊人能接受基督而准备的方法，柏拉图则是摩西的化身。克莱门特的学生奥利金则进一步会通希腊哲学和犹太教思想，打造一个基督神学体系。继续查士丁对逻各斯的理解，奥利金强调逻各斯不是在时间中创生出来，而是通过道成肉身，使永恒的神得以和此生此世的时空建立起历史关系。与他们不同的是，德尔图良提出：
雅典（哲学）与耶路撒冷有何相干？基督与柏拉图有何相通？教会与学府有何相同？
并主张将哲学从基督神学中清除出去，基督徒必须是除了圣经、使徒的言语和教会的规则外，对心智的思索完全没有兴趣的人。尽管德尔图良强烈的主张将哲学驱赶出神学之外，但在与帕克西亚 Praxeas 等的论战过程中，他同样不得不借鉴希腊哲学，甚至以彼之道，还施彼身，将其发挥得淋漓尽致，其结果，便是创造了影响后世的 三位一体 概念。 ^32
从早期基督教教父各种不同的论证方式，可以看见基督教义形成过程中对待希腊哲学态度的逐渐。爱任纽的方式带着 两个凡是 的主观论断特性，而不参与思辨精神。查士丁的解说将教义说成 基督神学特色的希腊哲学，以使皇帝认为基督教乃是希腊哲学的一种。到克莱门特时，希腊哲学被反过来认为是 希腊哲学特色的基督神学 ，希腊哲学被解释成为基督神学的一种。再到德尔图良时，他的主张明确的显示了对哲学可能让神学崩溃的担心^33。德尔图良完全意识到
信仰，必须以理性上的不可能为基础。
必须采用一种更加干脆的唯信论，彻底的将哲学驱赶出神学之外，不用事实或者其他辨证的方式来说明神之存在，而是采用相信与不信来界定。^34
这些教父之间的争议和对于文本不同的解释，使一个作为终极判据的经典文本的重要性日显突出。基于各自的立场，爱任纽、奥利金、德尔图良制作了自己的圣经经目。虽然其中有相同部分，但歧异却也不小。这促使组织化之后的教会，努力去澄清教义，建立经典文本，以为权力之合法与否释法^35，一方面在教会形成了以主教为核心的阶层组织之后，为主教的权力合法性确定依据，另一方面，也方便普通信徒接受。到公元300年左右，不同神学学说关于基本经目的分歧逐步缩小，^36 到公元397年的 迦太基会议 ，订出了为数73卷的新旧约正典书目^37，到公元419年这些书目再次得到确认，《新约》经典的确定和纷争才算尘埃落定。尽管这些文本之间的内容所表述出来的神学和教义仍然有不少冲突，但对经典文本数量上的限定，使这种纷争的解决和统一最终成为可能。
回顾基督教在这一时期的演化，从产生到成型，经历了以下几个变化：
公元311年，君士坦丁皇帝突然归信，接纳基督教为官方承认的正式组织，由此，基督教开始介入世俗政治，并与欧洲历史相缠绕。
[^1]: 神学 theology，由神 theos 和逻各斯 logos 构成。
[^2]: 这一变化的重要性在于，演说的感染力是当场的，从眼睛和耳朵输入的，而文本则倚赖于读者的思考和解读者的解释，甚至无论文本的内容是什么，它的存在必然独立于人和独立于具体情景之外，也独立于手势和语调而存在。这种沟通工具变化对于基督教传播带来的问题是，一旦将信仰看成一种人与上帝的沟通关系的话，那么《福音书》的确立，使 倾听 上帝的声音变成一种对文本的阅读。而谈论上帝时，所谈论的，事实上不是上帝本身，而是关于上帝的概念，这就是卢曼所谓的沟通过程自反性。这成为日后费尔巴哈攻击基督教的依据，即认为人反过来将神的概念实体化。
[^7]: 希腊神话有英雄波修斯 Perseus， 埃及神话有鹰神 Horus， 传自波斯的密斯拉教 Mithraism 有密斯拉神 Mithra 即太阳神，传说开创罗马帝国的罗慕路斯 Romulus。
[^8]: 但是，教父们意想不到的是，这种改头换面的变形，为后世的神学带来了多少的争议和困难。启蒙运动之后的各种常识的质疑，现代 人工受精 技术发明之后带来新的可能解释，都为这种说法的争辩带来许多新的变化。
[^9]: 从 神—逻各斯—摩西 变形出来的 神—逻各斯—基督 ，最终形成 三位一体 ，这种结构和中国传统 天—天道—天子 的构型类似，儒家文化中， 天子 是天道的结果，同时也是人世一切伦理的起点，基于天子作为核心，可以构造出价值伦理体系和人世间的行政秩序，这使得儒家教义成为一种政教合一的教义。不同的是，基督教所处的世界，则道统和政统相对保持一种分离状态，甚至有时还处于对立竞争状态，这是后来贵族和平民得以崛起的机会。
[^13]: 正面政权介入这类争端，实际上是一个及其愚蠢的行为，而新兴的信仰，在任命主教这类问题上，去和延续二千年的宗教争执，也是非常愚蠢的。用 爱国 为指标去衡量宗教信仰自由和其他黑社会，只能出现 黑社会也有爱国 的这种反讽。
[^15]: 异端，希腊文词源表示 看法 。汉语中，《易》云 见群龙无首，吉 ，表示当没有主流看法时，反而是好的局面。到了孔子在《论语·为政》中说 攻乎异端，斯害也已 时，尽管此时和孔子同期的道家、墨家和杨朱学派等，从不曾把儒家思想视为正统，也没有自居异端的意识，但孔子却已经以正统自命，而目他人为邪魔歪道了。待到汉定儒术于一尊之后，其他与儒学不同的，便被定义为异端了。相对而言，焦循的《论语补疏》注为： 各为一端，彼此互异 还是比较持平。亨德森 John B. Henderson 以为，关于异端的建构是一个包含不同等级的系统。异端，乃是相对于正统而言。简单点说，胜者为王败者寇，败者便是异端，胜者则是正统。
[^17]: 福柯用 **圆形监狱**，来指出政府、医院、学校、等各种组织之间的相似性，异端本身，乃是意味着一种自命正统对于其他看法的压制。在启蒙意义上，房龙提出必须容许别人有行动和判断的自由，对不同于自己或传统观点的见解的耐心公正的容忍时。乔治·奥威尔有《1984》《动物庄园》和《异端的权利》等一系列著作作为类似的佐证。
[^19]: 诺斯替主义是 Gnosticism 的音译，其意为灵知派。参考本书的附录《关于刘小枫所说的诺斯替主义》。
[^21]: 这可以被看成是一种以口语的沟通媒介对教义文本化的反抗，也可以被看成通过对话语权的争夺而实现对权力的争夺。教会将孟他努主义看成一个重要异端的原因，可以参考以下事例：太平天国中，洪秀全自命 天王 。东王杨秀清为了获得权力，发明了 代天父传言 ，自号 天父 ，以此挑战洪秀全 天王 的合法性地位，甚至多次利用 天父 附身的说法，试图让洪秀全
参拜天父永为我父，护卫东王早作人王。洪秀全对《圣经》进行的阐释，在正统教义看来，完全是异端，接近于欧阳锋式的《九阴真经》，但杨秀清的
天父 附身，虽为独家发明，妙手偶得，其实也不过是孟他努主义在两千年后的阴魂再现。
[^23]: 清末，1870年 天津教案 ，百姓盛传天主教堂外国修女 挖眼割心 以为药用，与此相仿。
[^24]: 塞尔修斯不是教徒，但却参与基督教思想的讨论，这类似于后世的 文化基督徒 。基督教将其称为异端，更显示了教会事实上是以朋友或是敌人来作为异端的标准，而不管其是否属于教徒。
[^26]: 查士丁，时间为约公元2世纪上半叶，他的说法是
基督相当于希腊人所理解的逻各斯。神并不是自己来到人间，而是通过媒介来到人间，以此来避开塞尔修斯的诘难。这种手法和策略的目的，只不过是一种伪辩，以让皇帝理解，基督教和皇帝所喜欢的柏拉图哲学实际上是同一回事。这接近于《老子化胡经》以为释迦牟尼乃是老子出函谷关后所化。类似的，亚历山大大帝进入埃及时被确认为太阳神之子，以此达到一种和谐。这最终形成了日后
道成肉身 及 三位一体 的概念。这种过程，促进了基督教义的哲学化。而由此带来 理性和神性 之间的张力问题并成为日后基督神学分裂的内核，却是始料不及了。
逻各斯如何在基督身上道成肉身？这些令人头疼的问题。
[^29]: 爱任纽的理论，可以称为 **两个凡是**——
凡是基督的指示，必会被其后继者坚决维护； 而凡是来源于基督的福音，也必天然的具备权力合法性而不需要解释。
[^39]: 按照卢曼的理解，尽管宗教系统试图按照他们自身的理解来描述他们自己的历史，但宗教形式和宗教系统本身的演化并不取决于宗教原因、事件和经验，而是一种自我指涉系统的结果。卢曼以为，社会在形式上的变化，乃是作为一个自我指涉系统而存在，并且在一个哥德尔式的世界中运行，经由 沟通 而不断自我复制或者自我膨胀。而当媒介工具的变化时，比如从演说者的口头言说变化为听者的书写阅读，将引起这种自我指涉系统的发展模式的变化。卢曼.宗教教义与社会演化.刘锋,李秋零译.北京: 中国人民大学出版社，2003。基督教组织一旦成形，那么，其发展和成长，便很少再单独倚赖于某个个体的作用，而是出于一种自发发展的状态，这时各个教徒，无论自觉不自觉，都从某个方面塑造了日后的基督教可能的面貌。
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